Ciprofloxacin adalah antibiotik, dan hanya membunuh jenis bakteri tertentu. Penyakit menular seksual (PMS) dapat disebabkan oleh berbagai infeksi, di mana bakteri hanya merupakan sebagian. Dari infeksi bakteri yang sebelumnya telah digunakan oleh para profesional medis untuk mengobati ciprofloxacin, beberapa telah menjadi resisten terhadap obat tersebut, sehingga antibiotik lain mungkin diperlukan. Pada 2011, chancroid dan granuloma inguinal STD tropis yang utama dianggap dapat diobati dengan obat tersebut.
Ketika PMS disebabkan oleh virus, ciprofloxacin tidak efektif. PMS yang disebabkan oleh virus termasuk herpes genital, human immunodeficiency virus (HIV), dan kutil kelamin. Virus biasanya tidak merespon antibiotik.
Setiap antibiotik juga memiliki cara kerja yang spesifik, dan karena itu tidak dapat menargetkan semua spesies bakteri. Misalnya, klamidia disebabkan oleh bakteri Chlamydia trachomatis, yang tidak dapat ditargetkan oleh ciprofloxacin. Ciprofloxacin juga tidak efektif melawan limfogranuloma vereneum, yang juga disebabkan oleh C. trachomatis.
Penyakit bakteri lain yang tidak dapat diobati oleh ciprofloxacin termasuk sifilis, di mana bakteri Treponema pallidum menyebabkan penyakit tersebut. Vaginosis bakterial adalah kondisi lain, yang mungkin atau mungkin tidak disebabkan oleh PMS. Kondisi ini juga biasanya tidak merespon pengobatan yang mengandung ciprofloxacin. Trikomoniasis juga tidak hilang dengan ciprofloxacin, tetapi dalam kasus ini karena agen penyebabnya adalah parasit protozoa dan bukan bakteri.
Bakteri dapat berkembang dari waktu ke waktu dan mengembangkan mekanisme resistensi terhadap antibiotik, dan ciprofloxacin tidak terkecuali. Centers for Disease Control (CDC) di Amerika Serikat mengeluarkan pernyataan pada tahun 1998 yang menunjukkan bahwa ciprofloxacin adalah salah satu pengobatan yang efektif untuk gonore, tetapi pada tahun 2010, bakteri penyebab gonore sangat resisten terhadap obat ini sehingga CDC merekomendasikan penggunaan obat lain. obat-obatan, seperti ceftriaxone, sebagai gantinya.
Menurut rekomendasi CDC 2010 tentang pilihan pengobatan STD, ciprofloxacin hanya cocok untuk mengobati chancroid dan penyakit yang terutama terjadi di negara-negara tropis yang disebut granuloma inguinale. Dalam kasus penyakit ini, bakteri penyebabnya adalah Klebsiella granulomatis. Meskipun ciprofloxacin, pada 2011, dapat mengobati penyakit ini, terkadang masalah muncul.
Dengan chancroid, ada beberapa strain yang resisten terhadap obat tersebut. Dengan kasus khusus ini, obat lain, seperti azitromisin, mungkin dapat mengobati infeksi dengan sukses. Granuloma inguinale juga memiliki kecenderungan untuk kambuh, meskipun pengobatan antibiotik awal tampak berhasil. Kelemahan lain menggunakan ciprofloxacin untuk PMS adalah tidak aman untuk wanita hamil dan menyusui.