Ada beberapa kemungkinan efek samping ringan dari transfusi trombosit, namun reaksi parah terhadap pengobatan jarang terjadi. Beberapa efek samping yang paling umum dari transfusi trombosit adalah suhu tinggi, gatal, ruam, dan menggigil. Banyak reaksi merugikan terhadap pengobatan dapat dihindari jika platelet apheresed diberikan. Jenis trombosit ini telah disaring dari unsur-unsur yang diyakini paling berpotensi menyebabkan kerusakan.
Untuk mengurangi dampak dari kemungkinan efek samping, pasien dipantau dengan cermat saat mereka menerima transfusi trombosit. Jika pasien memiliki reaksi yang merugikan selama transfusi, pengobatan dihentikan. Obat-obatan juga biasanya diberikan untuk mengobati gejala reaksi.
Efektivitas transfusi dapat menurun setelah beberapa prosedur — suatu kondisi yang umumnya dikenal sebagai refrakter terhadap transfusi. Ada dua penyebab utama untuk kondisi ini: imun dan non-imun. Penurunan efektivitas trombosit yang disebabkan oleh kekebalan bisa menjadi hasil dari sistem kekebalan yang menolak trombosit yang masuk sebagai benda asing dan menghancurkannya sebelum dapat beredar ke seluruh tubuh. Jika ini terjadi, dokter dapat menguji darah pasien dan mencari kecocokan trombosit yang lebih dekat dengan harapan menemukan transfusi yang akan diterima tubuh. Penyebab non-imun untuk masalah penerimaan trombosit termasuk reaksi terhadap obat antijamur, limpa yang membesar yang menjebak trombosit dan menjauhkannya dari aliran darah, dan suhu tinggi yang tidak normal.
Transfusi trombosit terutama diberikan kepada pasien dengan jumlah trombosit sehat yang rendah karena kehilangan darah, pendarahan, kurangnya produksi trombosit yang cukup, atau trombosit yang rusak. Beberapa kondisi paling umum yang mungkin memerlukan transfusi selama pengobatan termasuk sindrom defisiensi autoimun (AIDS), multiple myeloma, anemia aplastik, dan peserta transplantasi organ. Mereka juga biasanya diberikan kepada pasien yang terlibat dalam transplantasi sumsum tulang atau kemoterapi untuk mengobati leukemia.
Dalam kebanyakan kasus beberapa transfusi trombosit diperlukan untuk meningkatkan jumlah ke tingkat yang memadai. Jadwal pengobatan yang khas akan terdiri dari dua transfusi per minggu. Biasanya dokter akan dapat mengetahui apakah transfusi berhasil dan kapan dapat dihentikan dengan mengukur trombosit muda dengan RNA, juga dikenal sebagai trombosit retikulat. Jika jenis trombosit ini bertambah jumlahnya, maka tubuh sekali lagi membuat trombositnya sendiri, daripada bergantung pada transfusi.