Pilihan antibiotik terbaik untuk gonore dapat bergantung pada beberapa faktor. Ini termasuk respons individu sebelumnya terhadap obat lini pertama dan jenis gonore yang ada. Juga penting jika individu secara bersamaan terinfeksi klamidia, yang tidak jarang terjadi. Dalam kasus ini, lebih dari satu antibiotik mungkin perlu dicoba.
Pada 2007, Pusat Pengendalian Penyakit AS (CDC) menerbitkan panduan yang jelas tentang cara memilih antibiotik terbaik untuk gonore. Sesaat sebelum publikasi ini, penelitian menunjukkan bahwa satu kelompok umum obat antibakteri, yang disebut floroquinolones, mulai tidak efektif dan jenis penyakit menular seksual menunjukkan resistensi terhadapnya. Ternyata, gonore telah berperilaku seperti ini di masa lalu dengan antibiotik lain. Biasanya tidak akan merespon pengobatan dengan obat-obatan seperti penisilin atau tetrasiklin.
CDC mengeluarkan rekomendasi untuk obat terbaik untuk gonore berdasarkan resistensi yang baru ditemukan ini terhadap floroquinolones, menunjukkan bahwa orang dengan kasus sederhana infeksi gonore pada alat kelamin menerima suntikan intramuskular tunggal ceftriaxone. Ini adalah obat sefalosporin. Ceftriaxone juga diindikasikan untuk pengobatan gonore yang terjadi di tenggorokan, yang disebut gonore faring.
Jika penyakit diperumit oleh infeksi klamidia, antibiotik oral kedua biasanya ditambahkan dan ini bisa menjadi salah satu dari beberapa jenis, dan mungkin termasuk obat-obatan umum seperti Zithromax®. Ada juga beberapa obat yang sangat mirip dengan ceftriaxone yang tidak tersedia di AS, dan ini bisa menjadi pengganti yang ideal. Selain itu, jika gonore adalah infeksi yang rumit, injeksi awal dapat diikuti dengan antibiotik dosis oral.
Dalam beberapa kasus, ceftriaxone menimbulkan masalah. Karena itu sefalosporin, beberapa orang alergi terhadapnya jika mereka alergi terhadap penisilin. Pilihannya adalah mencari antibiotik terbaik berikutnya untuk gonore. Obat-obatan seperti doksisiklin atau klaritromisin dapat digunakan sebagai gantinya. Pendekatan lain adalah dengan menggunakan desensitisasi terhadap obat sebelum memberikannya. Sering kali tidak perlu melakukan ini, dan obat lain akan cukup menggantikannya. Diketahui bahwa obat-obatan seperti Zithromax® akan mengobati gonore tanpa komplikasi, tetapi ada kekhawatiran bahwa jenis gonore pada akhirnya akan menolak azitromisin juga.
Pemeriksaan lengkap dan riwayat alergi obat pasien penting untuk memilih antibiotik terbaik untuk gonore. Dokter menggunakan pedoman tetapi membuat keputusan berdasarkan kasus per kasus. Keputusan ini mungkin tidak selalu identik dengan pedoman. Selanjutnya, dokter perlu terus menilai kesembuhan pasien. Terkadang perawatan tambahan diperlukan bahkan jika perawatan terbaik dan paling direkomendasikan telah digunakan.