Kebanyakan pasien yang menggunakan beta sitosterol tidak akan mengalami efek samping apapun. Orang lain mungkin mengalami efek samping ringan yang biasanya terbatas pada ketidaknyamanan gastrointestinal. Namun, pasien dengan kondisi tertentu yang sudah ada sebelumnya dapat mengalami efek samping serius yang dapat menyebabkan atau memperburuk penyakit jantung. Seperti halnya obat apa pun, reaksi alergi adalah salah satu kemungkinan efek samping beta sitosterol dan memerlukan perawatan medis segera.
Efek samping yang paling umum mempengaruhi sistem pencernaan pasien dan biasanya hanya terjadi pada pasien yang mengonsumsi lebih banyak beta sitosterol daripada yang direkomendasikan dokter. Efek ini dapat mencakup kram, gangguan pencernaan, gas yang berlebihan, dan mual. Pasien juga mungkin mengalami konstipasi atau diare akibat mengonsumsi suplemen ini. Muntah umumnya tidak terlihat dengan penggunaan beta sitosterol, meskipun pasien yang rentan terhadap muntah dapat melakukannya pada awal mual. Untuk sebagian besar, pasien yang mengalami kemungkinan efek samping ini tidak terlalu terganggu oleh mereka dan terus mengonsumsi suplemen sesuai resep.
Pria juga dapat mengalami efek samping seksual dari beta sitosterol. Suplemen ini telah dikenal untuk menurunkan gairah seks dan menyebabkan disfungsi ereksi. Gejala-gejala ini hilang ketika pasien berhenti mengonsumsi beta sitosterol dan umumnya tidak perlu dikhawatirkan, terutama jika pasien mengonsumsi suplemen ini hanya untuk waktu yang singkat.
Beta sitosterol juga dapat membahayakan kemampuan pasien untuk menyerap vitamin E dan karoten. Efek samping beta sitosterol ini dapat menyebabkan masalah neurologis atau komplikasi kesehatan jangka panjang. Kedua kemungkinan efek ini disebabkan oleh defisiensi vitamin daripada beta sitosterol itu sendiri dan dapat diperbaiki dengan mengonsumsi suplemen vitamin E dan A. Pasien juga dapat makan makanan yang kaya vitamin ini untuk mencegah defisiensi.
Jarang, reaksi alergi yang serius dapat terjadi sebagai efek samping dari beta sitosterol. Tanda-tanda reaksi alergi termasuk ruam atau gatal-gatal, pembengkakan pada wajah atau mulut, kesulitan bernapas, dan perubahan detak jantung atau tekanan darah. Pasien dengan gejala tersebut perlu segera ke dokter agar reaksi alerginya dapat diobati.
Pasien dengan sitosterolemia juga mungkin mengalami efek samping beta sitosterol yang merugikan. Pada pasien ini, beta sitosterol dapat menyebabkan penyakit jantung atau memperburuk kondisi jantung yang sudah ada sebelumnya. Hal ini terjadi karena penderita sitosterolemia sudah memiliki terlalu banyak beta sitosterol dalam tubuhnya, yang dapat menyumbat arteri dan merusak jantung.