Sementara file yang dikodekan MHTML berisi bagian-bagian yang merupakan kode HTML murni, komplikasi dapat terjadi saat mencoba mengonversi MHTML ke HTML. Beberapa program dapat membaca MHTML — atau Multipurpose Internet Mail Extensions (MIME) HyperText Markup Language (HTML) — file dan format turunan, tetapi jenis program khusus diperlukan untuk mengonversi dan menulis konten file ke HTML. Masalah dapat terjadi, karena data digital dari situs web dikodekan dalam file dan merekonstruksi situs web dengan tautan yang benar ke semua informasi lokal dapat menjadi tugas yang menakutkan. Program ada untuk sebagian besar sistem operasi yang memungkinkan konversi MHTML ke HTML, meskipun pekerjaan tambahan mungkin diperlukan dari pihak pengguna.
Masalah utama untuk mengonversi file dari MHTML ke HTML adalah data biner yang ditulis dalam file. Data disimpan dengan cara yang memungkinkan file MHTML untuk dibaca dan ditampilkan oleh browser web tetapi tidak memudahkan untuk mengonversi file yang sama. MHTML disimpan sebagai semacam kode tertanam yang menggunakan variabel berbeda untuk menjaga lokasi file digital tetap teratur. Informasi biner, seperti gambar yang online, disimpan di situs web asli dengan tautan ke lokasi online. Informasi ini dihapus dan diterjemahkan ke dalam variabel lokal dengan file MHTML, sehingga sulit untuk benar-benar mencocokkan media biner ke lokasi yang tepat dan pemformatan dalam dokumen HTML.
Beberapa program tersedia yang dapat mengonversi MHTML ke HTML. Ada plug-in dan add-on lain yang memungkinkan program memuat, mengedit, dan kemudian menyimpan kembali file tersebut kembali ke MHTML, tetapi hanya ada beberapa program mandiri yang akan mencoba mengubahnya menjadi HTML. Seringkali, program ini mengharuskan pengguna untuk melihat kode untuk memilah di mana file biner harus ditempatkan dalam kode, memungkinkan mereka untuk merekonstruksi halaman dari arsip.
Tidak semua halaman web dapat disimpan secara akurat sebagai file MHTML. Berbagai format kompleks yang dapat disematkan sebagai media di situs web tidak akan disimpan dengan benar, jika sama sekali. Ini termasuk applet Java®, media streaming, dan banyak skrip yang bergantung pada file lain di server yang tidak dapat diakses oleh komputer penjelajahan.
Cara paling efektif untuk mengonversi MHTML ke HTML adalah dengan menemukan program dan plug-in mandiri yang akan secara bertahap mengonversi file dari satu format ke format lain dan, akhirnya, mungkin ke HTML. Sistem operasi tertentu bahkan tidak memiliki dukungan untuk file MHTML di dalam browser mereka sendiri. Jika semua hal lain gagal, dimungkinkan untuk secara manual memecahkan kode informasi MIME biner dalam file dengan tangan dengan dekoder 64 dasar, mengekstrak hanya HTML dan mencoba merekonstruksi situs web yang disimpan dalam arsip secara manual, tetapi proses ini akan sangat padat karya.