Varje avsiktlig åtgärd som vidtas i avsikt att skada sig själv utan att begå självmord, som att skära eller bränna ens hud, anses självskada. Även om många olika faktorer kan leda till avsiktlig självskada, rankas psykisk ohälsa högt bland de vanligaste orsakerna till självskada. Andra orsaker till självskada kan vara relaterade till ens sociala miljö, genetiska bakgrund eller andra frågor som rör familjens historia. De olika orsakerna till självskador tenderar också att relatera till höga nivåer av stress eller till känslomässig dissociation, som båda kan leda till självskadebenägenhet. De som skadar sig själva på grund av stress tenderar att känna sig lugna och kontrollerade efteråt medan de som skadar sig själva på grund av känslomässigt avstånd och dissociation tenderar att känna sig mer levande och sammankopplade.
Psykiska sjukdomar, som depression och bipolär sjukdom, är vanliga orsaker till självskador, eftersom de kan leda till både höga nivåer av stress och till känslor av dissociation och känslomässig domningar. Många människor vet inte hur de ska hantera de tumultartade känslotillstånd som ofta är ett resultat av psykiska sjukdomar. I vissa fall ger fysisk smärta en tillfällig tillflyktsort från känslomässig smärta, så människor skadar sig själva i ett försök att distrahera sig från sina turbulenta känslomässiga tillstånd. Självskada kan dock leda till ytterligare känslomässig oro, eftersom de flesta inte har entydigt positiva känslor för att skada sig själva.
Vissa orsaker till självskada kan också uppstå från miljöfrågor, såsom övergrepp från en familjemedlem eller krig nära ens hem. Exakt hur så olika situationer leder till självskada varierar från fall till fall. Övergrepp från föräldrar kan till exempel få en att känna sig otillräcklig, så han kan skada sig själv av känslor av självförakt. Alternativt kan leva i en krigshärjad miljö lämna en känslomässigt rå och dissocierad, och känna sig som om han har liten kontroll över någonting. I sådana fall kan han engagera sig i självskada för att återupprätta en viss känsla av kontroll över sitt liv och sitt känslomässiga tillstånd.
Det finns många andra orsaker till självskador som endast är svagt relaterade till psykisk ohälsa eller till miljöfaktorer. Vissa genetiska tillstånd har kopplats till ökade självdestruktiva tendenser, till exempel. Likaså kan vissa former av missbruk, beroende och abstinensbesvär leda till utveckling av självskadebenägenhet.
I sällsynta fall kan självskada vara en avsiktlig och kalkylerad handling. Man kan skada sig själv för att uppmärksamma den underliggande känslomässiga smärtan i hopp om att få hjälp. Alternativt kan man använda självskada för att manipulera andra människors handlingar. Även om sådan manipulation kan verka skadlig, är den i sig ofta bevis på underliggande känslomässigt lidande.