Småbarn med autism verkar ofta utvecklas normalt tills de är mellan 12-24 månader gamla. I efterhand rapporterar dock många vårdare av autistiska barn att några subtila tecken på autism var närvarande även i spädbarnsåldern. I allmänhet kommer autism hos småbarn att visa tecken på förseningar i kommunikation och sociala färdigheter samt beteende och sensoriska problem; graden av svårighetsgrad, från mild till svår, varierar. Till exempel, mellan 12-24 månader, kan småbarn sluta prata eller interagera med andra. Självstimulerande, repetitiva beteenden, försenade spelfärdigheter och över- eller underkänslighet för sensorisk input är andra tecken. Småbarn kan också ha sömnproblem och oförutsägbart beteende, inklusive aggression, såväl som en generell brist på nyfikenhet.
En av de första röda flaggorna för autism hos småbarn är regression och/eller förseningar i kommunikationsförmåga. De flesta småbarn tycker om sociala lekar, som patty cake eller peek-a-boo och kanske använder ord, som mamma, äta, ner och hejdå, för att kommunicera. När autism utvecklas upphör dock allt detta. Småbarnet tappar förmågan att uttrycka önskemål och behov verbalt; ord som han eller hon har lärt sig fram till denna punkt i livet kan ersättas med ekolali, dvs att efterlikna eller imitera ord utan att tillmäta dem någon mening. Ögonkontakten minskar eller försvinner, pekande, vinkande och andra gester upphör och det lilla barnets utbud av ansiktsuttryck blir kraftigt begränsat.
Ett andra tecken på autism hos småbarn är ett ointresse för sociala interaktioner. De flesta småbarn gillar att leka tillsammans med andra barn och är nyfikna på omvärlden, men småbarnet med autism föredrar att vara ensam. När ett litet barn med autism verkligen umgås med andra, behandlar barnet den andra personen på samma sätt som han eller hon behandlar en stol eller något annat föremål i miljön; det finns vanligtvis mycket begränsad, om någon, känslomässig koppling. Småbarn med autism tenderar att ogilla att bli fasthållna eller kelade, men de blir väldigt överexciterade när de kittlas.
Att flaxa med händerna, slå huvudet, plocka huden, bita eller andra självskadebeteenden är också några av de beteendemässiga tecknen på autism hos småbarn. Det kan finnas en ökad känslighet för ljud, men en bristande känslighet för smärta och kyla. Vissa småbarn med autism kan snurra runt och runt under långa perioder eller kan vara upptagna av att titta på särskilda mönster eller rörelser av föremål, som en mobil, en fläkt eller till och med damm som svävar genom luften. Småbarn med autism har en tendens att använda föremål på ovanliga sätt som att ställa upp locken från kökslådan, kritor, pennor eller leksaker; om linjerna störs kan det lilla barnet bli extremt upprört.
Sömnstörningar ses också ofta hos småbarn med autism. De kan vara vakna under långa perioder och sover bara tre eller fyra timmar åt gången. Autistiska småbarn kan också kräva mycket mer tillsyn än det genomsnittliga småbarnet och kanske inte kan göra enkla uppgifter, som att ta på sig strumpor.