Matförgiftning från ostron uppstår vanligtvis om skaldjuren är besmittade med bakterier, särskilt den typ som kallas Vibrio vulnificus, som är vanlig i råa skaldjur. Läkare råder i allmänhet att det bästa sättet att undvika matförgiftning från ostron är att undvika att äta dem råa. Det är i allmänhet säkrast att tillaga rå mat i en ren köksanläggning, med rena händer och redskap. Människor som är sjuka, särskilt de som är sjuka med infektioner som vanligtvis sprids genom matförgiftning, bör i allmänhet undvika att tillaga mat, eftersom de kan fläcka den. Man kan också hjälpa till att förhindra matförgiftning från ostron genom att se till att ostron är så färska som möjligt och köpta från en välrenommerad handlare som förvarar dem under lämpligt kylda, sanitära förhållanden.
Att laga ostron tros vara det bästa sättet att förhindra överföring av matförgiftning när de äts. Även om ostron är smutsiga, är det troligt att tillagning av dem kommer att döda de patogena medlen. Konsumenter rekommenderas vanligtvis att kassera ostron som inte öppnar sig under tillagningsprocessen, eftersom dessa ostron med stor sannolikhet kan vara smutsiga.
Händer, redskap och matlagningsutrymmen bör i allmänhet steriliseras före matlagning för att förhindra överföring av matförgiftning från ostron. De kokta ostronen bör i allmänhet hållas långt borta från eventuella råa ostron som väntar på att tillagas. Om de råa ostronen kommer i kontakt med de kokta ostronen, kan bakterier eller andra patogener i dem återkontaminera de kokta ostronen.
Läkare tror generellt att matförgiftning från ostron och andra livsmedel, särskilt skaldjur, är mer sannolikt under de varma månaderna på året, när dessa livsmedel inte är lika sannolikt att hållas konsekvent kylda. Det är i allmänhet bäst att köpa färskast möjliga ostron för konsumtion, speciellt om de ska ätas råa. Köpmannen bör förvara ostronen på lämpligt sätt före försäljning. Vissa människor, såsom barn, pensionärer och gravida kvinnor, löper ofta högre risk för matförgiftning och kan generellt rekommenderas att inte äta ostron alls. Personer med leversjukdom, diabetes, njursjukdom, nedsatt immunitet eller de som använder vissa mediciner rekommenderas också generellt att undvika konsumtion av råa skaldjur som ostron, eftersom dessa människor också kan vara mycket mer benägna att få matförgiftning från förgiftad mat.