Ada sejumlah tip dan saran yang berbeda untuk penghapusan spyware dan virus dari komputer. Mempertahankan program antivirus terbaru adalah salah satu tips terpenting untuk mencegah dan menghapus spyware dan virus. Setelah komputer terinfeksi, seringkali diperlukan untuk menghapus spyware atau virus dari komputer dengan mem-boot sistem dalam mode aman atau dari disk. Meskipun mungkin tidak berlaku untuk penghapusan spyware dan virus dari komputer, salah satu tip terbaik bagi pengguna komputer adalah mempraktikkan kebiasaan menggunakan komputer dengan hati-hati untuk mencoba menghindari sebagian besar perangkat lunak berbahaya.
Penghapusan spyware dan virus dapat menjadi salah satu tindakan paling sulit dan tidak menyenangkan yang harus dilakukan pengguna komputer. Setelah bagian dari perangkat lunak berbahaya telah menginstal dirinya sendiri ke komputer, penghapusan perangkat lunak itu bisa sangat sulit dan mungkin membutuhkan banyak usaha. Komputer harus memiliki program antivirus yang sangat baik yang diinstal ke dalamnya, dan program ini harus selalu diperbarui. Virus dan spyware baru ditemukan dengan frekuensi yang mengkhawatirkan; untuk memastikan penghapusan spyware dan virus yang tepat dari suatu sistem, program antivirus pada sistem tersebut harus dapat mengidentifikasi perangkat lunak berbahaya baru di komputer.
Perangkat lunak berbahaya sering kali berhasil tidak hanya mengubah cara kerja komputer, tetapi juga menyembunyikan dirinya di dalam sistem komputer dan mempersulit penghapusan spyware dan virus. Ini dapat dilakukan dengan beberapa cara berbeda, meskipun salah satu yang paling umum adalah program virus menyembunyikan operasi penginstalan untuk dirinya sendiri dalam prioritas boot sistem operasi (OS). Setelah ini selesai, jika virus telah dihapus dari komputer, virus kemudian akan diinstal ulang saat komputer dihidupkan ulang dan OS melakukan booting kembali. Untuk mengatasi masalah ini, dan memastikan penghapusan spyware dan virus yang tepat, komputer dapat dimulai dalam mode aman atau dari disk OS yang melewati instruksi penginstalan yang dibuat virus, dan kemudian program antivirus dapat dijalankan.
Selama data penting pada hard drive dicadangkan dengan benar, maka penghapusan spyware dan virus juga dapat difasilitasi dengan memformat ulang drive. Ini adalah tindakan ekstrem, tetapi merupakan salah satu cara untuk memastikan perangkat lunak berbahaya telah dihapus. Biasanya juga lebih mudah untuk menghindari penghapusan spyware dan virus sepenuhnya dengan mempraktikkan kebiasaan komputer yang aman, terutama saat mengakses Internet. Tautan aneh dan email mencurigakan harus dihindari, dan program antivirus yang memindai situs web dan tautan juga bisa sangat bermanfaat.