Biodiesel adalah zat yang mirip dengan diesel berbasis minyak bumi, kecuali dibuat dari sumber nabati seperti mikroalga dan kelapa, bukan minyak bumi. Sementara biodiesel dapat terjadi secara alami dalam keadaan tertentu, keadaan ini jarang terjadi dan dapat memakan waktu bertahun-tahun. Reaktor biodiesel mempersingkat jumlah waktu dan membuat proses semi-otomatis atau sepenuhnya otomatis sehingga jumlah biodiesel komersial dapat dibuat. Ada dua jenis utama unit reaktor biodiesel: geser dan ultrasonik. Keduanya bekerja pada biodiesel dengan cara yang berbeda, tetapi keduanya mengarah pada pembuatan biodiesel dalam jumlah besar dengan sedikit kerja di pihak operator reaktor.
Semua biodiesel dimulai sebagai bahan baku nabati. Beberapa bahan baku termasuk mikroalga, kelapa dan minyak nabati bekas atau perawan. Reaktor biodiesel kemudian bekerja pada bahan baku untuk menyebabkan reaksi kimia yang disebut transesterifikasi. Dalam proses ini, bahan baku dipisahkan menjadi dua zat: gliserin dan metil ester.
Gliserin adalah produk sampingan dari proses dan merupakan alkohol manis. Setelah produksi, gliserin biasanya digunakan oleh industri lain untuk membuat pelembab atau sabun, sehingga gliserin tidak terbuang atau dibuang. Zat lainnya, metil ester, adalah nama kimia untuk biodiesel. Pada tahap ini biodiesel disempurnakan lebih lanjut untuk membuat biofuel lainnya, dicampur dengan solar untuk membuat campuran diesel yang menawarkan keberlanjutan dan kegunaan dalam suhu dingin, atau digunakan segera tanpa campuran atau pemrosesan ekstra.
Reaktor biodiesel ultrasonik menggunakan gelombang ultrasonik untuk membuat gelembung bahan baku biodiesel. Gelembung diproduksi dan runtuh karena gelombang ultrasonik, menyebabkan reaksi dari panas dan tekanan yang membuat bahan baku transesterifikasi. Reaktor biodiesel ultrasonik biasanya digunakan untuk kebutuhan besar atau komersial, karena unit ini memiliki waktu yang sulit untuk membuat biodiesel dalam jumlah yang lebih kecil. Unit-unit ini juga cenderung membutuhkan lebih sedikit pekerjaan dari operator dan berjalan pada kecepatan yang lebih otomatis daripada reaktor geser.
Reaktor geser biodiesel digunakan di laboratorium yang membutuhkan sejumlah kecil biodiesel untuk pengujian, dapat digunakan di rumah oleh orang yang memenuhi syarat, dan juga dapat ditingkatkan untuk penggunaan komersial. Unit-unit ini menggunakan panas dan mengurangi ukuran tetesan bahan baku biodiesel untuk menyebabkan transesterifikasi. Pembuatan biodiesel biasanya memakan waktu dari 30 menit hingga empat jam, tergantung pada unitnya. Unit ini membutuhkan lebih banyak pekerjaan dari operator, tetapi unit itu sendiri lebih fleksibel dalam menciptakan hasil yang berbeda dan bekerja lebih baik dengan bahan baku padat daripada unit reaktor biodiesel ultrasonik.