Sakit alis paling sering disebabkan oleh infeksi sinus atau sakit kepala tegang atau cluster. Penyebab nyeri alis yang kurang umum termasuk glaukoma sudut tertutup akut dan arteritis temporal. Kedutan alis, meski biasanya tidak menyakitkan, seringkali tidak diketahui penyebabnya dan biasanya berumur pendek.
Penyebab paling umum dari nyeri alis adalah sinusitis, sakit kepala tegang, dan sakit kepala cluster. Sinusitis disebabkan oleh infeksi pada rongga sinus, yang terletak di belakang wajah. Selama respon imun terhadap infeksi, sinus menjadi meradang, menghasilkan rasa sakit dan tekanan yang menyebar ke luar ke daerah alis dan pipi bagian atas. Antibiotik untuk menghancurkan infeksi dan penghilang rasa sakit sering digunakan untuk mengobati jenis rasa sakit ini.
Sakit kepala tegang adalah perasaan sakit atau tidak nyaman di area kepala, terutama di sekitar alis. Sakit kepala jenis ini sering terasa seperti kepala sedang ditekan. Alasan pasti untuk sakit kepala tegang jarang diketahui, tetapi beberapa penyebab yang lebih umum adalah kurang tidur, stres, atau timbulnya pilek atau flu.
Sakit kepala cluster adalah sakit kepala parah yang sering terkonsentrasi di sekitar dahi bagian bawah dan merupakan penyebab umum lain dari sakit alis. Jenis sakit kepala ini mendapatkan namanya karena sering datang berkelompok atau bergelombang dan kemudian mereda untuk waktu yang singkat. Baik sakit kepala tegang maupun sakit kepala cluster diobati dengan obat penghilang rasa sakit yang dijual bebas atau diresepkan.
Dua penyebab lain yang kurang umum dari nyeri alis adalah glaukoma sudut tertutup akut dan arteritis temporal. Glaukoma sudut tertutup akut adalah bentuk glaukoma langka yang menghasilkan tekanan intraokular yang cepat dan menyebabkan nyeri mata yang parah yang dapat menyebar ke daerah alis. Bentuk glaukoma ini diobati dengan obat-obatan untuk mengurangi tekanan di dalam mata, atau dengan pembedahan. Arteritis temporal adalah penyakit di mana arteri utama yang memasok darah ke kepala membengkak, mengurangi pasokan makanan dan darah ke kepala. Gangguan ini dapat mengakibatkan rasa sakit yang hebat di daerah alis dan rahang.
Kejang otot di alis atau kelopak mata atau tremor yang tidak disengaja di area alis atau kelopak mata mengganggu tetapi bukan merupakan indikasi adanya masalah. Kejang otot yang tidak terkendali ini, juga dikenal sebagai blepharospasms esensial jinak (BEB), biasanya muncul selama beberapa hari dan kemudian mereda. BEB tidak diketahui penyebabnya, tetapi banyak orang merasa masalah ini terjadi ketika pola tidur normal terganggu atau ketika kurang tidur telah dialami selama beberapa hari. Seringkali kejang ini akan berhenti setelah tidur malam yang nyenyak.