Skalbasen är uppdelad i tre kraniella fossae: bakre, mellersta och främre. Den bakre fossan, eller den bakre kranialfossan, är den djupaste och största och definieras av skallbenet. Inom denna fossa finns två kritiska hjärnområden: hjärnstammen och lillhjärnan. Dessa områden i hjärnan styr det autonoma nervsystemet, koordination och rörelse. Kranialnerver VII till XII lämnar skallen genom den bakre fossan, förenar ryggmärgen och förbinder hjärnan med resten av kroppen.
Hjärnstammen finns i den bakre fossan. Den består av mellanhjärnan, pons och medulla. Hjärnstammen innehåller viktiga kranialnerver inklusive ansiktsnerven, glossofaryngealnerven, vagusnerven, accessorisk nerv och hypoglossalnerven. Hjärnstammen är ansvarig för de vitala autonoma funktionerna andning, hjärtfrekvens, blodtryck, matsmältning, svett och salivutsöndring. Skador på skallen i området kan leda till dödsfall eller bestående funktionsnedsättning.
Lillhjärnan är det område i hjärnan som ansvarar för rörelse, balans och koordination. Inom bakre fossa är lillhjärnan uppdelad i två hemisfärer åtskilda av ett tunt område som kallas vermis. Genom ryggmärgen får lillhjärnan information från muskler och skickar information till musklerna. Denna sensoriska loop ger proprioceptiv och kinestetisk information – information relaterad till rörelse, jämvikt, position och smärta. Denna finjusterade återkopplingsslinga tillåter dansare och idrottare att utveckla fantastisk muskelkontroll.
Ryggmärgen passerar genom foramen magnum, en centralt placerad öppning i den bakre fossan. De djupa skårorna i denna fossa innehåller också de tvärgående bihålorna och sigmoida bihålorna. Dessa bihålor är vener som samlar upp blod från hjärnan och låter det återcirkuleras genom hjärtat.
Många sjukdomar som påverkar hjärnan kan förekomma i området. Cancer i detta område är ofta primär och kan uppstå från själva hjärnan, kranialnerverna, hjärnhinnorna eller skallen. Dessa cancertumörer är vanligare hos barn och utgör majoriteten av barndomens hjärntumörer. Tumörer som växer i detta område kan blockera flödet av ryggmärgsvätska, vilket orsakar ökat tryck på hjärnan och hjärnstammen. Infektioner i huvudet och nacken kan också spridas till den bakre fossan, och stroke eller blödningar är inte ovanliga i lillhjärnan eller hjärnstammen på grund av de stora blodkärlen som passerar genom denna fossa.