Identifikasi bakteri adalah proses yang digunakan untuk menentukan identitas bakteri tertentu. Ini adalah bagian penting dari perawatan medis, karena banyak perawatan sangat bergantung pada identitas organisme tertentu yang menyebabkan masalah medis, dan ini juga merupakan bagian penting dari penelitian ilmiah. Sejumlah teknik digunakan dalam identifikasi bakteri, dan teknik baru terus dikembangkan saat orang belajar lebih banyak tentang bakteri dan peralatan medis baru dikembangkan.
Tahap pertama dalam identifikasi bakteri melibatkan pembuatan isolat, sampel kerja dari bakteri yang bersangkutan. Isolat dimulai dengan usapan kecil bakteri yang dicurigai diambil dari pasien atau objek. Isolat dibuat dengan menemukan media pertumbuhan yang akan mendukung bakteri, dan berhasil membiakkan bakteri yang cukup untuk dipelajari. Ini bisa menjadi tantangan nyata, karena bakteri sangat pilih-pilih, dan mereka tidak akan tumbuh di sembarang media. Penting juga untuk menghindari kontaminasi media pertumbuhan atau sampel, karena hal ini dapat menyebabkan hasil yang membingungkan.
Setelah bakteri dikultur, berbagai macam alat dapat digunakan untuk memberikan petunjuk identitasnya. Salah satu yang paling dasar adalah pewarnaan Gram, yang membagi bakteri menjadi bakteri Gram-positif dan Gram-negatif dengan menggunakan pewarna kimia. Noda lain dapat digunakan untuk meningkatkan kontras, membuat bakteri lebih mudah dilihat di bawah mikroskop. Identifikasi visual di bawah mikroskop biasanya dapat dilakukan dengan spesies bakteri yang sudah dikenal, terutama yang memiliki bentuk khas.
Ada lebih banyak alat di gudang identifikasi bakteri. Seorang peneliti dapat menggunakan metode serologis, yang melibatkan pemaparan sampel bakteri yang tidak diketahui ke berbagai antibodi untuk melihat apakah ada reaksi, atau pengurutan gen, di mana kode genetik bakteri terurai. Urutan gen juga dapat digunakan untuk membedakan antara dua jenis bakteri yang terkait erat, memberikan informasi tentang mengapa satu jenis merespon pengobatan tertentu sementara yang lain tidak. Tanggapan terhadap berbagai bahan kimia dan rangsangan seperti radiasi ultraviolet juga dapat dipelajari.
Identifikasi bakteri secara klasik dilakukan di laboratorium, karena laboratorium memiliki peralatan medis, bahan kimia, dan peralatan yang dapat digunakan untuk melacak identitas bakteri. Beberapa laboratorium mengkhususkan diri dalam kultur dan mengidentifikasi sampel dari rumah sakit dan klinik medis, sementara yang lain fokus pada penelitian, mengidentifikasi sampel bakteri baru dan tidak dikenal sehingga dapat diklasifikasikan. Lingkungan lab dikontrol dengan ketat untuk mencegah kontaminasi dan infeksi yang tidak disengaja pada pekerja lab, dengan organisme yang sangat ganas sedang dipelajari di laboratorium dengan keamanan tinggi yang mencakup beberapa lapisan perlindungan bagi para ilmuwan.