Terletak di sistem limbik otak, amigdala adalah struktur otak yang terlibat dalam pemrosesan rangsangan emosional, serta memasukkannya ke memori. Kerusakan amigdala mungkin memiliki beberapa efek yang berbeda, termasuk ketidakmampuan untuk membuat atau melaksanakan respons ketakutan terhadap rangsangan tertentu. Efek juga dapat mencakup penurunan ekspresi perilaku ibu. Perilaku berisiko seperti berjudi dengan peluang buruk juga dapat meningkat setelah kerusakan pada area otak ini.
Biasanya, amigdala membantu otak untuk mengkodekan dan mengekspresikan respons rasa takut. Setelah terpapar rangsangan yang mengancam, otak mengingat kondisi ini, dan munculnya kembali rangsangan akan menimbulkan reaksi ketakutan. Beberapa kerusakan akan memadamkan respons ini sepenuhnya. Seorang individu dengan kerusakan ini tidak akan mengasosiasikan respon ketakutan dengan rangsangan. Respons rasa takut yang diperoleh sebelumnya juga tidak akan diekspresikan dengan adanya rangsangan.
Emosi selain rasa takut dimediasi di area ini. Dalam penelitian yang melibatkan monyet, kerusakan amigdala menyebabkan ibu berhenti menunjukkan perilaku keibuan. Ibu malah menyerang atau melecehkan bayi mereka, dalam beberapa kasus. Lesi pada seluruh amigdala di kedua sisi otak menyebabkan sindrom Kluver-Bucy pada monyet. Gangguan ini menyebabkan kurangnya agresi dan ketakutan, serta perilaku seksual yang tidak pantas.
Membantu individu untuk mengenali emosi adalah fungsi lain yang dapat dipengaruhi oleh kerusakan. Orang yang mengalami kerusakan amigdala di kedua sisi otak tidak dapat mengenali emosi yang berhubungan dengan ekspresi wajah. Kadang-kadang, mereka bahkan mengacaukan ekspresi marah dengan senyuman. Ketika individu-individu ini ditunjukkan ekspresi emosional tanpa wajah, mereka mampu mengenali emosi yang ditunjukkan. Hasil ini menunjukkan bahwa otak memiliki pusat lain yang membantu individu untuk mengenali emosi.
Loss aversion adalah istilah yang menggambarkan penghindaran mengambil risiko, terutama ketika risiko ini tidak akan menghasilkan keuntungan yang signifikan. Kerusakan amigdala pada manusia menciptakan ketidakmampuan untuk mempraktikkan keengganan kehilangan. Orang-orang ini cenderung mengambil risiko besar dalam perjudian, bahkan ketika mereka tidak akan mendapatkan banyak uang dari kemenangan. Pengambilan risiko yang tidak berpotensi bagi individu untuk kehilangan sesuatu tidak terpengaruh.
Mendeteksi orang lain di ruang pribadi seseorang adalah fungsi lain dari amigdala yang mungkin terpengaruh. Ketika amigdala rusak di kedua sisi otak, orang tidak bereaksi terhadap orang lain yang berdiri di ruang pribadi mereka. Efek ini mungkin karena individu tidak membedakan antara berdiri tepat di sebelah seseorang dan berdiri agak jauh dari mereka.