Saluran pencernaan manusia dimulai di mulut dan meluas ke anus. Flora usus mengacu pada mikroorganisme yang berada di saluran pencernaan. Mikroorganisme ini umumnya tidak berbahaya. Distribusi mereka bervariasi di sepanjang lokasi usus dan di antara individu. Mereka memainkan peran penting dalam fungsi pelindung, struktural, dan metabolisme usus.
Bakteri adalah mikroorganisme yang dominan di usus. Mereka mendominasi baik jejunum dan ileum dari usus kecil distal serta usus besar. Sekresi asam, pankreas, dan empedu mencegah kolonisasinya di lambung dan duodenum dari usus kecil proksimal. Bakteri aerobik, seperti lactobacilli aerobik dan enterococci, adalah flora usus yang dominan di jejunum, dan ileum dan usus besar didominasi oleh bakteri anaerob seperti bifidobacteria, Escherichia coli, dan lactobacilli anaerob. Dalam usus orang dewasa mungkin ada beberapa perubahan dalam populasi bakteri ketika ada perubahan dalam usia, pola makan, gaya hidup, dan lingkungan.
Dalam kondisi normal, inang manusia dan flora ususnya memiliki hubungan simbiosis di mana keduanya saling menguntungkan. Tuan rumah manusia menyediakan makanan dan lingkungan yang stabil untuk flora usus. Sementara itu, flora usus memberikan manfaat bagi inangnya dengan mencegah kolonisasi bakteri berbahaya di usus, mencegah peradangan usus, berkontribusi pada pengembangan sistem kekebalan, meningkatkan penyerapan makanan dan air, dan mensintesis vitamin K dan B12.
Pertumbuhan bakteri berbahaya dicegah melalui efek penghalang, yang berarti kepatuhan flora usus ke lapisan usus bersaing dengan dan menghambat invasi bakteri berbahaya. Perannya dalam mencegah peradangan usus dan dalam berkontribusi pada pengembangan sistem kekebalan dikaitkan dengan kemampuan flora usus untuk merangsang jaringan limfoid di usus untuk menghasilkan antibodi terhadap bakteri berbahaya. Pertumbuhan jaringan limfoid juga dapat disebabkan oleh aksi asam lemak rantai pendek, yang merupakan produk fermentasi karbohidrat oleh bakteri. Selain itu, asam lemak rantai pendek mengontrol proliferasi dan diferensiasi sel-sel yang melapisi usus yang membantu mencegah cedera pada lapisan usus.
Selain fermentasi karbohidrat, enzim yang dihasilkan oleh flora usus juga meningkatkan penyerapan karbohidrat. Enzim ini mencerna karbohidrat menjadi bentuk energi dan nutrisi yang berguna bagi manusia. Selain itu, penyerapan air dan mineral makanan seperti zat besi, kalsium, dan magnesium, yang juga penting dalam fungsi metabolisme tubuh manusia, juga ditingkatkan.