De flesta fall av svart diarré orsakas av gastrointestinala blödningar. Blod kommer att se olika ut i avföringen beroende på från vilken punkt i mag-tarmkanalen blödningen kommer. I det här fallet uppstår blödningen vanligtvis i magsäcken eller matstrupen, och den blir svart när den passerar genom kroppens matsmältningssafter. Blödning från dessa områden kan orsakas av sår, gastrit och kraftiga kräkningar. Svart lakrits, järntillskott och vissa livsmedel kan också orsaka svart diarré, liksom ett överskott av mediciner, som de som innehåller vismut.
Den tekniska termen för svart diarré som härrör från blödning i övre tarmen är melena. När blodet passerar genom matsmältningssystemet och kommer i kontakt med matsmältningsjuicer kommer järnet i blodet att förändras, vilket leder till en svart färg. Medan matstrupen och magen är de vanligaste orsakerna till blödningar, och läkare i allmänhet kommer att titta dit först, är det också möjligt att blödningen börjar lägre i tarmkanalen, såsom tunntarmen eller tjocktarmen.
Sår definieras som sår som bildas på huden och hindrar organets förmåga att fungera. Magsår, eller magsår, är sår som bildas var som helst på slemhinnan i matsmältningssystemet och kan vara extremt smärtsamma på grund av den sura miljön i mag-tarmkanalen. Medan de flesta magsår orsakas av en kronisk infektion av bakterien Helicobacter pylori, kan de också orsakas av överdriven alkoholkonsumtion eller långvarig användning av icke-steroida antiinflammatoriska läkemedel (NSAID). I dessa fall är svart diarré ofta en indikation på ett magsår som har börjat blöda.
Gastrit liknar ett magsår, men definieras mer allmänt som en inflammation i mag-tarmslemhinnan. Många omständigheter som orsakar magsår kan också orsaka gastrit, särskilt alkohol och NSAID, men gastrit kan också visa sig på grund av stress, vissa autoimmuna sjukdomar eller kirurgi. Kronisk gastrit, i synnerhet, kan gå tillsammans med Crohns sjukdom, leverkomplikationer eller njursvikt. Långvarig eller allvarlig inflammation i magslemhinnan kan så småningom leda till blödning och följaktligen svart diarré.
Överdriven kräkning eller hosta, särskilt känt som Mallory-Weiss syndrom, kan leda till en rivning i den övre mag-tarmkanalen, särskilt i förbindelsen mellan magsäcken och matstrupen. Den svåra, våldsamma uppkastningen som uppstår vid Mallory-Weiss syndrom är oftast förknippad med utrensning av ätstörningar och alkoholism, men alla omständigheter som involverar akuta kräkningar kan leda till detta tillstånd. I allmänhet kommer patienter att upptäcka revan i matstrupen genom att hosta upp eller kräkas blod, men svart diarré fungerar också som ett tecken på blödning som helt enkelt har gått i motsatt riktning.
Vissa livsmedel kan också orsaka en godartad färgförändring i avföringen, såsom överdriven konsumtion av svart lakrits eller livsmedel med en hög koncentration av djurblod. Järntillskott kan också göra att avföringen blir svart, eller ibland grönaktig, till färgen. Vismutsubsalicylat, en kemikalie som oftast används för att behandla matsmältningsbesvär, kan också leda till en ofarlig färgförändring på svart avföring på grund av en reaktion med svavel som finns i mag-tarmsystemet. I dessa fall orsakar medicinen eller maten att avföringen blir naturligt svart; diarrén är troligen oberoende av denna färgförändring och orsakas av en annan faktor.