Semua penyebab kutil kelamin berada dalam kategori yang sama—virus. Berbagai jenis human papillomavirus virus (HPV) bertanggung jawab atas perkembangan kutil kelamin. Kutil terutama ditularkan, bagaimanapun, melalui kontak seksual. Satu episode seksual dengan seseorang yang memiliki HPV mungkin cukup untuk menyebabkan kutil kelamin. Melakukan kontak seksual dengan banyak pasangan dapat meningkatkan risiko tertular HPV dan kutil kelamin.
Seringkali, orang membicarakan HPV seolah-olah satu virus mampu menyebabkan kutil kelamin. Kenyataannya, virus HPV berjumlah lebih dari 100, dan banyak di antaranya adalah penyebab kutil kelamin. Ilmuwan telah menemukan setidaknya 40 HPV yang berbeda memiliki kemampuan untuk menyebabkan kutil kelamin. Yang lebih mengganggu adalah kenyataan bahwa beberapa subkelompok virus ini juga memiliki kemampuan menyebabkan kanker rahim dan leher rahim. Bahkan, beberapa kanker ini bahkan terbukti mampu berkontribusi pada perkembangan kanker penis dan anus.
Ada banyak jenis HPV yang dianggap sebagai penyebab kutil kelamin, tetapi kebanyakan kasus disebabkan oleh HPV-6 dan HPV-11. Menariknya, kedua jenis HPV ini berisiko rendah menyebabkan kanker. Beberapa jenis HPV lain yang merupakan salah satu penyebab kutil kelamin lebih mungkin menyebabkan kanker. Misalnya, HPV-16 menyebabkan kutil kelamin dan juga sering menjadi penyebab kanker serviks. HPV-18 adalah jenis HPV lain yang menyebabkan kutil kelamin dan memiliki risiko lebih tinggi menyebabkan kanker.
Walaupun HPV adalah penyebab teknis kutil kelamin, banyak orang membahas penyebabnya dalam hal cara seseorang terpapar virus yang menyebabkannya. Dalam kebanyakan kasus, cara penularannya adalah kontak seksual tanpa pengaman. Seseorang biasanya tertular HPV, dan akhirnya kutil kelamin, dari pasangan seksualnya. Biasanya, jangka waktu selang waktu antara paparan dan perkembangan kutil adalah sekitar tiga bulan. Sementara satu kontak seksual sudah cukup untuk menyebabkan penyebaran HPV dan kutil kelamin, memiliki banyak pasangan seksual meningkatkan risiko terkena HPV dan risiko perkembangan kutil kelamin.
HPV dan kutil kelamin mudah menular melalui kontak seksual. Namun, ada kemungkinan bagi seseorang untuk melakukan kontak seksual dengan pasangan yang terinfeksi dan tetap bebas dari kutil kelamin. Rata-rata orang memiliki sekitar 40 persen peluang untuk menghindari kutil kelamin dalam satu episode seksual dengan pasangan yang terinfeksi.