Prokaryota och eukaryota celler är de två grundläggande former som celler kan ta. Prokaryota celler bildar encelliga organismer som bakterier och archaea, medan eukaryota celler är grunden för alla andra typer av liv. När det gäller jordens evolution kom prokaryota celler först och ersattes senare av sina eukaryota motsvarigheter.
Den mest märkbara skillnaden mellan prokaryota och eukaryota cellceller är de senares förmåga att bilda en komplex organism. Prokaryoter är alla encelliga organismer medan eukaryoter inkluderar växter, svampar och djur. Förmågan att kombinera och samarbeta har gjort det möjligt för eukaryoter att utvecklas långt bortom prokaryoter.
Båda celltyperna innehåller element som liknar varandra. Båda typerna är deoxiribonukleinsyra (DNA)-baserade organismer som innehåller ett cellmembran, flagellum, cytoplasma och ribosomer. De delar samma typ av DNA och samma typ av genetisk kod. En skillnad är att en prokaryots DNA är cirkulärt medan en eukaryots är linjärt. Eukaryot DNA binder med histonproteiner för att bilda kromosomer, medan prokaryotiskt DNA inte gör det.
Den mest anmärkningsvärda fysiologiska skillnaden mellan prokaryota och eukaryota celler är de förstnämndas brist på en verklig kärna. En kärna innehåller och bearbetar majoriteten av den eukaryota cellens DNA, och dess funktion är att kontrollera cellulär aktivitet. Kärnan finns i ett membran för att hålla den åtskild från resten av cellen. Prokaryoten har ett nukleoidcentrum där DNA samlas, men det finns inget separerande membran.
Inre membran är en återkommande skillnad mellan de två celltyperna. En eukaryot cell är fylld med distinkta miniatyrorgan som kallas organeller. Dessa membranbundna element utför specifika funktioner i cellen och skiljer sig från cellens cytoplasma. Prokaryoter tenderar att inte ha några organeller separerade från cytoplasman. Cytoplasma är en viskös vätska som finns i en cell.
Medan både prokaryota och eukaryota celler har ribosomer, är ribosomerna i eukaryota celler större och mer utvecklade. Ribosomer använder aminosyror och ribonukleinsyra (RNA) för att skapa proteiner i cellen. En prokaryot ribosom består av tre sorters ribosomalt RNA (rRNA) och cirka 50 typer av protein. Den eukaryota ribosomen består dock av fem typer av rRNA och cirka 80 typer av protein.
Eukaryota celler innehåller en distinkt organell som kallas mitokondrier, och växtceller har också organeller som kallas plastider. Prokaryota celler har varken. Mitokondrier och plastider verkar ha ett gemensamt ursprung. Båda verkar ha varit distinkta prokaryoter absorberade i eukaryoter i ett permanent symbiotiskt förhållande.
Vissa generaliserade skillnader kompliceras av uteslutningar. Som en allmän regel skiljer sig dessa celler över cellväggar. Medan alla prokaryoter har dem och de flesta eukaryoter inte har det, finns det undantag. Vissa prokaryoter har utvecklat primitiva organeller, men i allmänhet är de frånvarande.