Variasi antigenik adalah pergeseran antigen permukaan pada organisme menular untuk membantu organisme menghindari sistem kekebalan dari inang potensial. Organisme menggunakan berbagai taktik untuk mengubah komposisi antigen pada permukaannya. Trik evolusioner ini memungkinkan mereka untuk terus tumbuh dan menyebar dalam populasi, mengabadikan keberadaan mereka. Para peneliti tertarik pada bagaimana ini bekerja karena dapat memainkan peran dalam bagaimana orang menjadi terinfeksi kembali dengan penyakit. Variasi antigenik juga menarik bagi orang yang bertanggung jawab mengembangkan vaksin dan obat-obatan untuk mencegah dan mengobati infeksi.
Organisme seperti virus, bakteri, dan parasit semuanya memiliki selubung luar, dengan serangkaian protein permukaan. Ketika suatu organisme memasuki inang untuk pertama kalinya, sistem kekebalan tidak mengenali protein apa pun dan memungkinkan organisme untuk berkembang biak, menciptakan infeksi. Sistem kekebalan akan belajar bahwa protein itu berbahaya, dan ketika organisme itu muncul di masa depan, tubuh akan menyerang. Ia melihat protein, mengenalinya sebagai ancaman, dan mengirimkan sel kekebalan untuk membunuh organisme.
Tanpa variasi antigenik, organisme menular akan cepat punah. Jumlah orang yang rentan dalam populasi akan turun dan organisme tidak akan mampu bertahan. Namun, jika organisme dapat mengubah protein pada generasi mendatang, ia dapat beradaptasi dan mulai menghindari sistem kekebalan lagi. Ini mungkin terjadi di antara inang, tetapi juga bisa terjadi selama infeksi aktif. Orang sering melihat pola siklus infeksi di mana mereka mulai menjadi lebih baik, menjadi jauh lebih buruk, dan kemudian menjadi lebih baik lagi. Ini adalah hasil dari variasi antigenik dalam beberapa generasi organisme yang tumbuh di dalam tubuh.
Beberapa organisme mengalami mutasi acak, yang dapat terjadi kapan saja. Yang lain sebenarnya memprogram dalam variasi antigenik. Organisme ini memiliki protein seperti plat nomor di salah satu mobil James Bond; mereka dapat menghidupkan dan mematikan protein untuk memberikan nomor pelat yang sama sekali berbeda, seolah-olah, ke sistem kekebalan tubuh. Saat mereka melewati antigen permukaan yang berbeda, beberapa host mungkin menolak mereka karena mereka telah terpapar di masa lalu, tetapi yang lain akan rentan terhadap infeksi.
Variasi antigenik dapat terjadi melalui rekombinasi, inversi, penghapusan, dan trik DNA lainnya. Beberapa organisme lebih baik daripada yang lain. Virus influenza adalah contoh yang terkenal; mereka berubah begitu banyak sehingga orang harus merancang vaksin baru setiap tahun untuk menginokulasi orang terhadap flu. Demikian pula, virus HIV bermutasi sangat cepat dan acak, sehingga sulit untuk dicegah atau diobati karena merupakan target yang bergerak.