Mengingat prosedurnya yang invasif, sebagian besar komplikasi pungsi lumbal jarang terjadi. Komplikasi yang paling umum adalah sakit kepala, yang terjadi pada sekitar empat dari sepuluh pasien pungsi lumbal dan biasanya sembuh dalam waktu satu minggu. Komplikasi lain lebih serius tetapi terjadi dengan frekuensi yang jauh lebih sedikit. Meningitis, cedera akar saraf, dan sakit punggung yang berkepanjangan adalah beberapa kemungkinan komplikasi pungsi lumbal, meskipun jarang.
Sakit kepala yang terjadi setelah pungsi lumbal disebut sakit kepala pasca pungsi dural. Penyebabnya tidak diketahui. Ini terjadi lebih sering pada wanita dibandingkan pada pria dan lebih jarang pada pasien yang lebih muda dan tua. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa pilihan jarum yang digunakan untuk pungsi lumbal mempengaruhi kejadian komplikasi pungsi lumbal jenis ini. Jarum berujung pensil, berbeda dengan jarum berujung miring, tampaknya secara signifikan mengurangi terjadinya sakit kepala pasca tusukan dubur.
Studi menunjukkan bahwa baik istirahat atau tetap tengkurap untuk waktu yang lama mencegah sakit kepala pasca tusukan dubur. Kafein oral memberikan beberapa bantuan sementara, tetapi bertindak singkat dan tidak akan menghilangkan sakit kepala. Perawatan yang paling efektif adalah patch darah epidural. Patch diterapkan setelah tusukan dan memberikan bantuan hingga 98 persen pasien yang mengalami sakit kepala pasca tusukan dubur.
Komplikasi pungsi lumbal yang serius termasuk herniasi tonsil, perdarahan intrakranial, dan infeksi. Jenis komplikasi ini jarang terjadi. Beberapa komplikasi lebih sering terjadi pada pasien yang kesehatan atau kondisinya terganggu. Pasien dengan kondisi medis yang serius lebih rentan mengalami komplikasi berbahaya akibat pungsi lumbal.
Sampel cairan serebrospinal diperoleh dari pungsi lumbal. Cairan ini mengelilingi otak dan sumsum tulang belakang. Pemeriksaan cairan dapat membantu mendiagnosis penyakit seperti meningitis, multiple sclerosis, dan pendarahan otak. Prosedur ini kadang-kadang dibentuk sebelumnya untuk menentukan perubahan tekanan serebrospinal. Perbedaan tekanan sebelum pengeluaran cairan dan setelah pengeluaran cairan dapat membantu dalam diagnosis tumor otak atau infeksi.
Ahli saraf atau tenaga medis terlatih lainnya melakukan pungsi lumbal. Prosedur ini biasanya dilakukan di punggung bawah. Dokter pertama-tama membersihkan, mensterilkan, dan terkadang membius area di sekitar lokasi yang dipilih untuk tusukan. Mereka memasukkan jarum di antara tulang belakang dan bergerak ke ruang yang diisi dengan cairan serebrospinal. Setelah cairan ditarik, dokter melepas jarum dan menutupi tusukan dengan pembalut steril.