Pengujian untuk flu babi melibatkan penggunaan tes laboratorium khusus, yang biasa disebut sebagai tes PCR, atau reaksi berantai polimerase. Tes ini umumnya memerlukan beberapa hari hingga satu minggu sebelum hasilnya ditentukan. Sebagian besar dokter menyarankan penggunaan tes PCR untuk wanita hamil, orang yang dirawat di rumah sakit karena flu, atau orang yang memiliki sistem kekebalan yang lemah dan berisiko tinggi mengalami komplikasi flu yang serius. Tes PCR adalah satu-satunya jenis tes flu yang dapat mendiagnosis flu babi secara spesifik, dan dilakukan dengan membandingkan sampel DNA yang diambil dari orang yang terinfeksi flu dengan susunan genetik virus flu babi. Sebagian besar orang yang diduga menderita flu babi tidak menerima tes ini dan sebaliknya dapat didiagnosis berdasarkan gejalanya atau melalui tes diagnostik influenza cepat.
Tes diagnostik flu cepat adalah tes flu yang digunakan kebanyakan dokter. Itu tidak selalu dapat membedakan antara jenis flu tertentu, dan tidak digunakan dalam pengujian untuk flu babi, tetapi sering dapat secara positif mendeteksi keberadaan virus influenza kira-kira 10 sampai 70 persen dari waktu. Tes biasanya dilakukan dengan menggunakan swab yang dimasukkan ke dalam hidung atau ke dalam mulut untuk mengambil sampel dari saluran hidung atau dari bagian belakang tenggorokan. Setelah sampel diambil, dokter dapat mengujinya di laboratorium dan mendapatkan hasilnya biasanya dalam waktu 30 menit. Jika hasilnya positif, dokter biasanya meresepkan obat antivirus dan mengirim pasien pulang dengan instruksi untuk banyak istirahat dan minum banyak cairan.
Meskipun rapid flu diagnostic test tidak dapat memastikan adanya flu babi secara tepat, hingga tahun 2011 dokter masih sering menganggap pasiennya terkena flu babi jika hasil tes ini kembali positif. Alasannya adalah karena pandemi flu babi, yang dimulai pada tahun 2009, telah menyebar begitu luas sehingga dokter menyimpulkan bahwa sebagian besar orang mungkin terkena flu babi jika mereka didiagnosis menderita influenza. Perawatan untuk flu babi dan jenis influenza lainnya pada umumnya sama, dan untuk alasan ini dokter biasanya tidak memusingkan diri untuk menguji flu babi secara khusus pada kebanyakan orang jika mereka sehat.
Beberapa dokter tidak mempermasalahkan pengujian flu babi atau jenis flu lainnya, dan malah mendiagnosis flu babi berdasarkan gejala pasien mereka. Alasan untuk ini mungkin karena flu babi sudah menyebar luas sejak menjadi perhatian pada tahun 2009. Alih-alih repot dengan tes PCR atau tes diagnostik flu cepat, banyak dokter bertanya kepada pasien mereka tentang gejala mereka dan mendiagnosis mereka dengan babi. flu jika gejalanya tampak cocok dengan penyakitnya. Semua jenis flu, termasuk flu babi, umumnya harus sembuh sendiri, dan dokter biasanya meresepkan obat antivirus kepada pasien mereka untuk membantu mempercepat waktu pemulihan.