Ada dua risiko utama yang terkait dengan berhubungan seks tanpa kondom. Ketika seks adalah antara seorang pria dan seorang wanita, kehamilan adalah kemungkinan yang sangat nyata. Dalam semua kasus, melakukan hubungan seks tanpa kondom meningkatkan risiko tertular penyakit menular seksual (PMS). Kondom tidak menawarkan perlindungan yang sempurna terhadap infeksi PMS, tetapi perlindungan yang mereka tawarkan berkisar dari baik hingga sangat baik, tergantung pada penyakit yang bersangkutan. Risiko tertular PMS selalu lebih tinggi saat berhubungan seks tanpa kondom.
Kondom adalah, pertama dan terutama, suatu bentuk pengendalian kelahiran, dan seks tanpa kondom atau bentuk pengendalian kelahiran lainnya seringkali dapat menyebabkan kehamilan. Ketika kondom lateks digunakan dengan benar dan konsisten, mereka sangat efektif dalam mencegah pembuahan. Pasangan sehat khas yang melakukan hubungan seksual secara cukup teratur memiliki rata-rata 20% peluang untuk hamil setiap bulan, menghasilkan hampir 100% peluang pembuahan selama satu tahun penuh. Ketika pasangan menggunakan kondom dengan benar dan konsisten, kemungkinan pembuahan adalah 2% hingga 3%, yang merupakan penurunan yang sangat signifikan.
Risiko utama lainnya dari seks tanpa kondom adalah kemungkinan infeksi PMS. Lebih dari selusin infeksi yang berbeda dapat ditularkan melalui kontak seksual. Penggunaan kondom membantu dalam pencegahan semua jenis PMS tetapi paling efektif dalam mencegah penyebaran HIV/AIDS. HIV adalah virus yang sangat rapuh dan biasanya menyebar hanya ketika cairan tubuh yang mengandung virus masuk ke inang baru, umumnya melalui luka di kulit atau kontak dengan selaput lendir. Penggunaan kondom yang benar sangat efektif dalam mencegah berbagai penularan ini.
Varietas PMS lain lebih kuat daripada HIV/AIDS dan mampu menginfeksi inang baru dengan lebih mudah. Virus herpes simpleks dapat menginfeksi inang baru hanya melalui kontak kulit, seperti halnya virus penyebab kutil kelamin. Seks tanpa kondom meningkatkan kemungkinan infeksi tersebut akan ditularkan karena lebih banyak kulit yang terpapar, meningkatkan kemungkinan penularan infeksi. Namun, penggunaan kondom tidak sepenuhnya efektif dalam mencegah penularan jenis PMS ini.
Kondom pria umumnya lebih efektif dalam mencegah penyebaran PMS, karena menawarkan penghalang yang lebih baik terhadap penularan cairan tubuh dan infeksi daripada kondom wanita. Kondom wanita, bagaimanapun, sangat efektif dalam mencegah kehamilan. Kedua jenis kondom dapat rusak, paling sering bila digunakan secara tidak benar, tetapi risiko ini kecil, dan risiko berhubungan seks tanpa kondom jauh lebih besar dan lebih serius.