Ada beberapa langkah yang terlibat dalam membersihkan jamur portobello, tidak semuanya diperlukan atau terkadang diinginkan. Batangnya memiliki tekstur yang sangat berkayu dan, jika dipotong, bisa dipotong dadu halus dan digoreng atau dibekukan untuk digunakan nanti dalam kaldu sayuran. Insang tidak selalu harus dilepas tetapi dapat dengan mudah dikikis dengan sendok. Bagian atas tutup jamur, yang biasanya berwarna kecoklatan, dapat dilepas dengan hati-hati agar portobello tampak pucat dan bersih saat disajikan. Tidak ada satu pun metode pembersihan yang benar-benar diperlukan, kecuali membuang insang jika jamur sudah terlalu tua dan insangnya berbau tidak sedap.
Salah satu area kebingungan tentang membersihkan jamur portobello adalah apakah akan mencucinya dengan air. Meskipun jamur akan menyerap sedikit air, jumlah tersebut tidak cukup signifikan untuk mempengaruhi rasa kecuali jamur diiris atau direndam dalam waktu yang lama. Alasan utama untuk menghindari jamur terendam dalam air adalah permukaan jamur akan rusak, merusak penampilan jika tidak segera digunakan setelah dicuci. Saat membersihkan jamur portobello yang tidak akan digunakan hingga beberapa jam atau hari setelahnya, sebaiknya gunakan kain lembab saja untuk membersihkan kotoran yang menempel di permukaan.
Insang di bawah tutup jamur portobello sering dihilangkan karena menyebabkan warna makanan menjadi gelap, meskipun insang dapat dimakan dengan sempurna dan dapat menambahkan rasa bersahaja pada hidangan. Mereka mudah dihilangkan dengan memegang jamur terbalik dan mengikisnya dengan ujung sendok. Jika insang telah terbuka dan memiliki bau yang tidak sedap, maka insang harus dibuang. Harus berhati-hati saat membersihkan jamur portobello dari insangnya, karena jamur ini masih bisa membuat talenan atau makanan lain menjadi gelap jika bersentuhan dengan jamur tersebut, meskipun ini biasanya bisa hilang jika tertangkap cukup cepat.
Permukaan di atas tutup jamur juga bisa dihilangkan. Kulit tipis dapat ditarik menjadi potongan-potongan, biasanya dengan mengambil sepotong kecil di tepi luar tutup dan menarik ke atas. Sikat pembersih jamur atau sikat sayuran juga bisa digunakan. Alasan utama untuk menghilangkan kulit saat membersihkan jamur portobello adalah untuk membuat presentasi yang seragam saat digunakan dalam salad atau saus putih.