Memilih roti pumpernickel terbaik sebagian besar merupakan masalah selera pribadi. Ada beberapa jenis roti yang berbeda yang dapat dibeli atau dibuat, sehingga pilihan terkadang didasarkan pada jenis dengan rasa yang paling dikenal. Pertimbangan lain adalah bagaimana roti akan digunakan, karena rasanya bisa berkisar dari manis dan ringan hingga padat dan agak pedas. Tekstur roti juga bisa sangat berbeda, tergantung pada jenis yang dibeli, dengan varietas asli Jerman yang memiliki tekstur kering yang sangat rapuh dibandingkan dengan roti yang lebih ramah roti dengan rasa yang lebih seperti spons. Bahan penyedap tambahan dalam roti pumpernickel juga dapat membantu menentukan rasa mana yang paling enak, karena beberapa mengandung biji jintan atau adas sementara yang lain memiliki kopi atau remah roti panggang di dalamnya.
Satu versi roti pumpernickel yang berbeda dikenal sebagai pumpernickel Jerman dan berpotensi menjadi salah satu jenis roti paling awal yang dikenal. Ini terbentuk dari tepung gandum hitam yang memiliki buah rye utuh atau retak yang dimasukkan ke dalam campuran bersama dengan tetes tebu. Bahan ragi yang digunakan adalah starter penghuni pertama, memberikan roti rasa yang lebih terfermentasi. Adonan ditempatkan dalam loyang persegi dan dipanggang dalam oven selama hampir satu hari penuh dalam beberapa kasus, memberikan remah yang padat, rapat dan sedikit kering. Roti ini paling baik dipilih ketika bahan dasar dibutuhkan untuk bahan-bahan lembab seperti olesan atau makanan laut yang diawetkan seperti salmon asap.
Versi berbeda dari roti pumpernickel dapat dibuat dengan cara yang lebih mirip dengan roti gandum hitam standar, dengan tepung gandum hitam dicampur dengan gandum atau tepung serbaguna sehingga ada untaian gluten yang lebih panjang dan lebih tahan lama dalam adonan. Warna cokelat tua pada roti tidak diperoleh melalui pemanggangan yang lama tetapi melalui penggunaan bahan pewarna gelap seperti bubuk kakao, molase, kopi atau cokelat. Roti ini dibentuk menjadi roti bundar, bukan roti persegi bergaya Jerman dan dipanggang seperti roti biasa. Pumpernickel jenis ini paling baik untuk sandwich atau roti panggang, karena mengandung lebih banyak kelembapan dan tekstur yang lebih lembut daripada varietas Jerman.
Dalam kedua kasus tersebut, roti pumpernickel akan terasa lebih berat daripada jenis roti lainnya, yang berarti mengandung lebih banyak gandum hitam daripada tepung terigu. Penambahan biji jintan atau adas merupakan hal yang tradisional, tetapi roti tawar dapat ditemukan bagi mereka yang merasa rasa bijinya tidak enak. Bahan-bahan lain bisa termasuk buah-buahan kering dan kacang-kacangan, yang memberi aksen manis pada roti. Beberapa jenis roti pumpernickel yang diproduksi secara komersial sebenarnya mengandung banyak pewarna dan pemanis buatan, memberikan rasa yang sangat berbeda dari roti yang menggunakan bahan-bahan yang lebih konvensional.