Sebagian besar organisasi besar menggunakan perangkat lunak untuk membuat dan mengelola cek penggajian bagi karyawan mereka. Perangkat lunak komputer ini menyediakan otomatisasi penuh dari semua penggajian untuk sebuah perusahaan. Perangkat lunak gaji terbaik saat ini biasanya menyediakan otomatisasi penuh pajak gaji, setoran langsung, dan pencairan rekening tabungan. Perangkat lunak ini terintegrasi dengan sistem lembar waktu otomatis untuk menyediakan proses manajemen penggajian karyawan secara penuh.
Aplikasi perangkat lunak penggajian mengurangi overhead organisasi dengan mengotomatiskan pembuatan cek penggajian karyawan. Sistem ini biasanya dikonfigurasi dengan aplikasi manajemen ketepatan waktu, yang melacak jam kerja setiap karyawan. Perangkat lunak gaji menyiapkan cek gaji berdasarkan interval yang ditentukan. Ini dapat dikonfigurasi untuk siklus pemeriksaan mingguan, bulanan atau triwulanan.
Ada banyak penyedia layanan gaji online yang tersedia di Internet. Perusahaan-perusahaan ini mengelola proses penggajian untuk perusahaan dari jarak jauh. Model layanan ini menggunakan perangkat lunak penggajian otomatis. Sebagian besar penyedia layanan penggajian membebankan konsumen berdasarkan jumlah karyawan yang menggunakan layanan tersebut. Layanan ini dianggap sebagai outsourcing proses penggajian untuk bisnis.
Sebagian besar usaha kecil mengelola pemrosesan penggajian mereka sendiri. Ada banyak paket perangkat lunak gaji yang dapat diinstal ke komputer lokal. Perangkat lunak ini bervariasi dalam harga dan kompleksitas. Selain itu, ada beberapa versi gratis dari perangkat lunak penggajian yang tersedia di Internet. Ini biasanya bekerja dengan baik untuk perusahaan startup kecil dengan anggaran terbatas.
Perangkat lunak gaji tersedia untuk beberapa sistem operasi. Ini termasuk Windows, Mac dan Linux. Saat membeli aplikasi gaji, konsumen harus memastikan bahwa aplikasi tersebut kompatibel dengan sistem operasi dan komputer yang digunakannya. Ini memastikan aplikasi perangkat lunak akan memenuhi standar perusahaan dan bekerja pada perangkat keras perusahaan.
Beberapa program perangkat lunak gaji dirancang untuk diintegrasikan ke dalam sistem akuntansi komersial. Ini memberikan cara yang baik untuk mengelola akuntansi, yang dapat membantu pelaporan keuangan bulanan dan triwulanan. Memiliki paket akuntansi yang lengkap mempermudah proses pengelolaan keuangan suatu perusahaan. Paket lengkap yang biasanya lebih hemat biaya.
Software as a service (SAAS) adalah metode baru untuk mengelola perangkat lunak komputer di Internet. Banyak perusahaan komersial menawarkan sistem perangkat lunak penggajian menggunakan modul SAAS. Ini biasanya lebih murah daripada kebanyakan perangkat lunak karena didasarkan pada jumlah karyawan di dalam perusahaan, daripada biaya perangkat lunak yang datar. Modul SAAS saat ini digunakan penjualan, sumber daya manusia, akuntansi, dan manajemen pelanggan.