Struktur organisasi universitas mengacu pada hierarki di mana pendelegasian tanggung jawab dilakukan. Ini memberi karyawan dan siswa perasaan tentang siapa yang menjawab siapa, dan siapa yang harus ditangani jika masalah muncul. Struktur organisasi khusus universitas dapat bervariasi tergantung pada institusi, meskipun dalam banyak kasus, tingkat eksekutif adalah anak tangga tertinggi di tangga organisasi. Tingkat ini termasuk rektor perguruan tinggi atau universitas, serta rektor jika ada, dan dewan direksi jika ada. Jabatan lain pada level ini antara lain bendahara dan rektor, serta wakil presiden atau wakil presiden.
Sementara dalam kebanyakan kasus, hanya ada satu presiden di sebuah perguruan tinggi atau universitas, beberapa wakil presiden mungkin ada dalam struktur organisasi universitas. Wakil presiden ini dapat bertanggung jawab untuk berbagai macam tugas di universitas yang lebih kecil, sementara mereka mungkin hanya menangani satu atau dua area spesifik dari fungsi perguruan tinggi di universitas yang jauh lebih besar. Seorang wakil presiden bidang kemahasiswaan, misalnya, akan berurusan terutama dengan kegiatan mahasiswa, masalah, prestasi, dan masalah anggaran. Wakil presiden keuangan akan menangani secara eksklusif keuangan universitas, dan yurisdiksinya dapat menjangkau semua departemen dalam universitas.
Dekan akademik adalah kepala berbagai departemen dalam struktur organisasi universitas. Departemen bahasa Inggris, misalnya, akan memiliki seorang dekan yang pada dasarnya mengelola atau mengawasi semua fungsi departemen itu. Dekan ilmu kehidupan akan menjalankan departemen tertentu dalam sains di universitas, dan dekan kedokteran akan mengawasi program medis apa pun yang ditawarkan oleh universitas. Seorang dekan dapat memegang posisi lain dalam struktur universitas, meskipun hal ini tidak umum di beberapa sekolah. Program mungkin juga memiliki rekan dekan yang menjawab dekan; orang-orang ini bertanggung jawab untuk membantu menjalankan departemen dan menangani masalah spesifik apa pun yang dihadapi departemen.
Struktur organisasi universitas dapat berkembang dari sana untuk memasukkan program lain seperti program atletik, pemeliharaan lahan, pemerintahan mahasiswa, departemen perumahan, dan banyak lagi. Tempat khusus dalam hierarki posisi ini dapat bervariasi sesuai dengan prioritas universitas tertentu. Dalam banyak kasus, reorganisasi dapat terjadi untuk memprioritaskan kembali struktur sehingga dana dialokasikan dengan benar dan senioritas ditangani dengan benar. Restrukturisasi organisasi dapat menjadi sulit dan membuat stres bagi semua anggota struktur universitas, jadi seringkali yang terbaik adalah menemukan sistem yang bekerja dan mematuhinya.