Ada banyak keuntungan dari struktur organisasi, terutama struktur yang jelas dan pasti. Ketika sebuah organisasi memiliki struktur yang sesuai, itu dapat berjalan lebih efisien, terutama ketika semua karyawan — dari pekerja paruh waktu hingga manajemen atas — tahu apa yang menjadi tanggung jawab mereka dan kapan departemen ditunjuk dengan jelas. Semakin banyak struktur yang dimiliki organisasi, semakin baik fungsinya secara keseluruhan.
Salah satu keunggulan struktur organisasi adalah pembagian tugas dan tanggung jawab pengawasan yang jelas. Suatu organisasi yang terorganisir secara optimal harus dapat membuat bagan alur organisasi yang menunjukkan karyawan dan departemen mana yang berada di bawah pengawasan manajer dan eksekutif mana yang biasanya ditunjukkan dengan jabatan. Memiliki hierarki organisasi yang ditentukan dengan tepat berarti karyawan harus tahu kepada siapa mereka harus pergi ketika mereka memiliki pertanyaan atau masalah yang berbeda.
Sebuah organisasi yang memiliki diagram alur hierarkis juga mungkin telah dengan jelas menguraikan divisi departemen dan deskripsi pekerjaan khusus untuk semua karyawan. Ini akan membantu memastikan bahwa semua karyawan dan departemen memahami tanggung jawab mereka dan akan mempermudah untuk melatih karyawan baru atau yang pindah. Pelatihan silang karyawan juga akan dapat dikelola dalam sistem kerja yang terorganisir. Struktur seperti ini juga harus membantu menghindari tumpang tindih tanggung jawab dan duplikasi layanan, yang akan menghemat uang dan waktu organisasi serta meningkatkan efisiensi.
Jika sebuah organisasi atau bisnis diatur seperti dijelaskan di atas, mudah untuk secara berkala mengevaluasi kembali maksud dan tujuan organisasi serta kemajuan yang sedang dibuat ke arah mereka. Sebagai organisasi yang sehat secara struktural, mereka kemudian dapat dengan lebih mudah membuat rencana tindakan untuk mengatasi area yang menjadi perhatian, seperti profitabilitas yang rendah di area tertentu atau kesulitan layanan pelanggan. Rencana tindakan akan berisi tujuan yang sedang ditangani, tindakan yang diusulkan untuk meningkatkan kinerja, dan orang-orang atau departemen yang bertanggung jawab untuk melaksanakan tindakan tersebut. Deskripsi pekerjaan, tata letak departemen, dan hierarki didefinisikan dengan jelas, jadi memutuskan siapa yang harus mengatasi masalah harus menjadi proses yang mudah.
Salah satu manfaat lain dari struktur organisasi adalah dapat membantu meningkatkan semangat kerja karyawan. Ketika karyawan tahu persis apa tanggung jawab mereka dan apa yang menjadi tanggung jawab pekerja lain, mereka cenderung merasa aman tentang pekerjaan mereka. Memiliki deskripsi pekerjaan yang komprehensif menghilangkan rasa frustrasi yang dirasakan karyawan ketika mereka tidak yakin dengan apa yang seharusnya mereka lakukan. Semakin nyaman semua karyawan merasa dengan tanggung jawab pekerjaan mereka, semakin besar kemungkinan mereka akan memiliki semangat kerja yang tinggi dan mempertahankan posisi mereka. Hal ini akan meningkatkan profitabilitas dan keberhasilan suatu perusahaan, bisnis atau organisasi.