Pembersih tangan berfungsi karena konsentrasi alkoholnya yang tinggi. Namun, tidak cocok untuk membersihkan semua jenis kotoran atau tanah. Bagaimana seseorang menerapkannya juga dapat mempengaruhi manfaatnya.
Alkohol membunuh sebagian besar bakteri, dan pembersih tangan mengandung alkohol dalam jumlah tinggi. Bila dioleskan di tangan selama kurang lebih 30 detik, akan sangat menghilangkan berbagai macam bakteri dan juga banyak virus. Telah terbukti sangat efektif melawan beberapa bentuk bakteri berbahaya, seperti methicillin-resistant staphylococcus aureus (MRSA), yang dapat menyebabkan bakteri pemakan daging yang mematikan dan menakutkan.
Seseorang yang menggunakan pembersih tangan juga cenderung menunjukkan perkembangan bakteri yang lebih lambat. Semua orang memiliki beberapa bakteri di tangan mereka setiap saat. Pembersih tangan cenderung memperlambat pertumbuhan bakteri di tangan setelah penggunaan yang tepat. Ini mungkin tidak sama efektifnya dalam mencegah semua kuman, karena beberapa virus menyebar melalui inhalasi tetesan hidung orang yang terinfeksi, seperti flu biasa. Namun, penggunaan pembersih di sekolah terkait dengan penurunan tingkat penyakit dan catatan kehadiran yang lebih baik.
Alasan lain pembersih tangan mungkin lebih efektif dalam beberapa kasus daripada mencuci tangan, adalah karena lebih mudah dan lebih cepat digunakan. Mencuci tangan yang benar-benar efektif membutuhkan air hangat, sabun, dan pembusaan dan penggosokan selama sekitar dua menit. Pembersih tangan dapat dibawa dalam botol kecil, dan membutuhkan waktu sekitar 30 detik untuk menggosok untuk mencapai, dalam banyak kasus, manfaat yang sama seperti sabun dan air.
Namun, pembersih tangan tidak efektif untuk semua kebutuhan pembersihan. Bakteri tertentu menjadikannya penting dalam pengaturan rumah sakit. Namun, tidak dapat membersihkan tangan secara efektif saat terkena darah atau kotoran.
Pembersih tangan tidak efektif dalam industri jasa makanan, di mana tangan sering basah selama persiapan makanan. Itu tidak dapat secara efektif menghilangkan kotoran di tangan dari mencuci tangan yang buruk setelah menggunakan kamar mandi, atau dari penanganan sayuran yang ditanam di pupuk kandang. Bersentuhan dengan cairan tubuh atau dengan kotoran membutuhkan cuci tangan yang ketat.
Produk ini juga tidak boleh menggantikan cuci tangan di lingkungan rumah sakit, atau di tempat lain. Secara umum, pembersih tangan memberikan hasil terbaik bila digunakan setelah seseorang mencuci tangan secara menyeluruh. Ini terutama benar setelah seseorang menggunakan kamar mandi. Banyak rumah sakit sekarang telah menerapkan kebijakan yang mengharuskan penggunaan pembersih di antara pasien, dan mencuci tangan setelah empat kali menggunakannya. Selanjutnya, setiap kali pekerja medis bersentuhan dengan cairan tubuh, tangan harus dicuci.
Pembersih tangan tidak akan bekerja secara efektif jika tidak diterapkan dengan benar. Orang membutuhkan setidaknya sesendok ukuran sepeser pun, dan harus dapat menggosok tangan bersama-sama selama 30 detik. Jika pembersih mengering dalam waktu yang lebih singkat, kemungkinan tidak cukup digunakan, dan orang tersebut harus mengulangi prosesnya.