Buah pepaya seperti melon tumbuh dari biji sebagian besar di iklim tropis yang hangat. Dengan pemilihan dan perawatan tanah yang tepat, tanaman pepaya dapat menghasilkan buah yang melimpah. Sebaliknya, bagaimanapun, penyiraman yang berlebihan dan drainase tanah yang buruk dapat menyebabkan penyakit pepaya yang mematikan seperti pembusukan akar. Di antara penyebab tambahan termasuk nekrosis, bintik cincin, dan bercak daun, serta antraknosa. Beberapa penyakit lain yang menyerang pepaya antara lain hawar dan embun tepung.
Tanaman pepaya harus disiram dengan benar sesuai petunjuk; jika tidak, terlalu banyak air dapat menyebabkan busuk akar. Kondisi ini dengan cepat mematikan buah pepaya karena kurangnya drainase di lokasi penanaman. Drainase air yang buruk memotong oksigen ke tanaman dan juga menyebabkan jamur terbentuk, menyebabkan lebih banyak kerusakan pada pepaya. Salah satu cara untuk menghindari penyakit busuk akar adalah dengan menanam benih pepaya di bedeng tanam yang ditinggikan atau di taman dengan drainase air yang lebih baik.
Perawatan tanaman yang tidak tepat juga menyebabkan penyakit pepaya lainnya seperti nekrosis. Juga dikenal sebagai nekrosis apikal pepaya, virus ini menyebabkan daun tanaman terkulai dan melengkung ke bawah, berubah menjadi kuning atau coklat. Penyakit pepaya dimulai dari daun dan batang, kemudian berlanjut hingga tanaman pepaya mati. Virus menghilang begitu seorang tukang kebun menghancurkan dan membuang tanaman pepaya, menurut para ahli.
Virus lain yang berhubungan dengan pepaya, ringspot, terjadi karena kurangnya perawatan tanaman. Gejala utama termasuk menguningnya daun, diikuti oleh garis-garis hijau tua. Bentuk dan lingkaran C berwarna hijau tua juga terbentuk pada buah pepaya saat terinfeksi virus. Teknik penanaman, seperti okulasi, meningkatkan risiko bercak cincin pada pepaya. Mengisolasi tanaman dapat menyingkirkan masalah bintik cincin.
Bercak daun Corynespora adalah penyakit yang disebabkan oleh jamur. Penyakit pepaya kebanyakan muncul pada daun dan tangkai bunga jantan tanaman, bukan pada buahnya. Jamur diidentifikasi dengan bintik-bintik coklat dan kuning, bersama dengan spora yang muncul di daun. Pakar berkebun merekomendasikan untuk mengoleskan fungisida pada pepaya yang terkena untuk membasmi penyakit.
Antraknosa adalah salah satu penyakit pepaya yang berasal dari jamur. Kondisi khusus ini mempengaruhi buah yang bertentangan dengan tangkai bunga dan daun. Gejala penyakit antraknosa dimulai dengan munculnya bintik-bintik basah kuyup pada buah pepaya. Bintik-bintik dapat tumbuh, berubah menjadi coklat atau hitam, dan kemudian meresap ke dalam buah dan merusak pulp. Fungisida yang diterapkan pada tanaman pepaya mengobati antraknosa, terutama pada tahap awal penyakit.
Penyakit hawar Phytophthora dianggap sebagai salah satu penyakit pepaya yang paling mematikan. Disebabkan oleh angin kencang dan hujan, jamur ini sering menyebabkan layu, busuk batang dan akar, serta infeksi akar dan buah. Tanda-tanda penyakit hawar phytophthora termasuk lesi yang terendam air di cabang dan buah, diikuti dengan pencoklatan dan kerusakan cepat dari seluruh tanaman pepaya. Lesi sering berubah menjadi putih pada buah, menyebabkan mengerut. Seperti penyakit pepaya lainnya yang berbasis jamur, hawar phytophthora dapat dijinakkan dengan menggunakan semprotan fungisida.