Ekosistem yang terancam punah adalah lingkungan alam yang terancam keruntuhan dan kepunahan karena aktivitas manusia, polusi dan kepunahan spesies atau kelebihan populasi di antara faktor-faktor lainnya. Entitas hidup dan tak hidup berinteraksi, membentuk hubungan yang saling bergantung dan bertukar energi dan materi dalam ekosistem yang bisa sebesar planet atau sekecil mangkuk ikan. Ketika saling ketergantungan antara spesies lingkungan dan faktor fisik dan kimia terganggu, ekosistem menjadi terancam punah dan mungkin dapat hancur total. Konsekuensi dari kehancuran ekosistem termasuk kepunahan massal, populasi spesies melonjak di luar kendali, gangguan pasokan makanan manusia, erosi, banjir, percepatan perubahan iklim dan disintegrasi wilayah besar lingkungan alam.
Ada banyak penyebab alami dan manusia dari ekosistem yang terancam punah, penyebab yang sering mengganggu rantai makanan ekosistem dan lingkungan fisik. Penangkapan ikan yang berlebihan dari spesies air tertentu seperti hiu atau tuna sirip biru dapat berdampak buruk pada rantai makanan dengan menghabiskan predator besar yang mencegah populasi spesies yang lebih kecil melonjak di luar kendali. Tanpa predator besar, banyak spesies akan berkembang biak di luar kemampuan lingkungan terdekat untuk mendukung mereka sehingga mengakibatkan berkurangnya sumber daya dan makanan dan ekosistem yang terancam punah.
Ketika sumber daya ekosistem saat ini habis, spesies overbred kemudian dapat pindah ke lingkungan baru di mana ia dapat menjadi invasif dan destruktif. Spesies juga dapat dimasukkan ke dalam suatu ekosistem oleh manusia dalam upaya untuk mengendalikan populasi hewan atau serangga asli tetapi sebaliknya memiliki efek yang mengganggu.
Polutan dapat memiliki efek domino pada ekosistem yang terancam punah dengan menghancurkan lingkungan fisik dan membunuh atau mengubah spesies. Misalnya, polutan yang dimasukkan ke dalam ekosistem perairan dapat membunuh tanaman yang dikonsumsi oleh ikan dan krustasea yang lebih besar. Spesies herbivora ini mulai mati dan dengan demikian menghabiskan sumber makanan predator karnivora sistem yang juga binasa dalam jumlah besar atau bermigrasi ke ekosistem baru untuk mencari makanan. Selain itu polutan dapat menyebabkan spesies ekosistem bermutasi yang mengakibatkan segala hal mulai dari ketidaksuburan hingga anggota badan ekstra dan cacat fisik yang melumpuhkan.
Konstruksi, pembangunan, dan aktivitas manusia lainnya termasuk perburuan dapat mengakibatkan ekosistem yang terancam punah. Perburuan yang tidak dikelola dengan benar atau berlebihan dapat melemahkan populasi suatu spesies dengan menghilangkan hewan lebih cepat daripada kemampuan mereka berkembang biak dan dengan demikian memutus rantai makanan. Konstruksi dan pengembangan dapat menghancurkan lingkungan fisik ekosistem tempat spesies hidup bergantung untuk bertahan hidup. Kecuali spesies ekosistem yang terancam punah dapat berhasil dipindahkan mereka mungkin terancam punah.