Bunga iris adalah bunga abadi, yang berarti bahwa mereka kembali setiap tahun, dan mereka tumbuh baik dari umbi atau rimpang, tergantung pada varietasnya. Sementara tukang kebun yang sibuk mungkin menghargai fakta bahwa bunga akan muncul di tempat yang sama setiap musim, itu juga berarti bahwa berbagai jenis penyakit dan hama iris dapat berkembang juga. Beberapa penyakit iris disebabkan oleh berbagai jenis infeksi jamur, seperti layu fusarium. Penyakit lain adalah hasil dari aktivitas serangga yang akhirnya menyebabkan infeksi bakteri.
Saat menanam umbi iris, yang terbaik adalah menghindari bintik-bintik yang memiliki bunga-bunga ini di dalamnya selama beberapa tahun terakhir, kecuali jika tujuannya adalah untuk memperluas petak bunga yang ada dan sehat. Banyak jenis penyakit iris dapat hidup di tanah selama bertahun-tahun, dan tanaman baru dapat dengan mudah terinfeksi jika terkena mereka. Memilih area yang salah kemungkinan akan mengakibatkan tanaman yang layu dan mati segera setelah bertunas, meskipun beberapa mungkin hidup cukup lama untuk mekar sebelum mereka mati.
Layu Fusarium adalah contoh infeksi jamur yang dapat mengganggu bunga selama bertahun-tahun setelah masuk ke tanah. Masalah ini biasanya menginfeksi akar tanaman terlebih dahulu, menyebabkan bintik-bintik coklat mati yang tampak cekung dan lembut saat disentuh. Gejala pertama yang terlihat mungkin adalah daun yang kekar dan kuning; segera setelah mengeluarkan daun ini tanaman akan mati.
Salah satu penyakit iris lainnya yang disebabkan oleh jamur adalah jamur biji sawi, juga dikenal sebagai busuk mahkota dan hawar selatan. Tanaman mengembangkan lendir coklat yang menutupi dasar bunga dan daun, dan dapat menyebar di sepanjang tanaman, membunuh bagian tanaman yang sehat dan tidak sehat. Ini sering menyerang bunga iris asli pantai Pasifik dan iris berjenggot warna-warni. Jamur biji sesawi dapat dicegah secara efektif, tetapi jika jamur itu tumbuh, tanaman dan tanah harus disingkirkan dari area tersebut untuk mencegah penyebaran lebih lanjut.
Beberapa jenis penyakit iris disebabkan oleh aktivitas serangga. Busuk lunak bakteri adalah salah satu masalah tersebut dan terjadi ketika bakteri memasuki luka di tanaman yang disebabkan oleh aktivitas penggerek iris. Rimpang menjadi terinfeksi bersama dengan daun, dan tanaman akan mengeluarkan bau busuk, seringkali tanpa alasan yang jelas. Pemeriksaan lebih dekat biasanya akan mengungkapkan lubang kecil yang ditinggalkan oleh penggerek iris, dan satu-satunya solusi adalah menggali dan membuang seluruh tanaman, terutama rimpang.
Bercak daun bakteri adalah salah satu penyakit iris yang belum tentu berakibat fatal bagi tanaman, tetapi masih dapat menyebabkan kerusakan yang signifikan. Bintik-bintik besar yang tampak basah muncul di daun, pertama di tepi dan kemudian menyebar ke tengah dan berubah menjadi coklat, akhirnya berubah menjadi putih saat daun mati. Sanitasi yang ketat dapat membantu mengendalikan penyebaran infeksi ini, seperti halnya menghilangkan daun yang terinfeksi. Daun harus benar-benar dihilangkan dari area tersebut dan tidak boleh berakhir di tumpukan kompos atau di dekat tepi taman.