Ada banyak spesies endemik Indonesia, yang merupakan hot spot keanekaragaman hayati tropis. Indonesia adalah wilayah dan negara yang luas di sebelah utara Australia dan tenggara Asia Tenggara. Terdiri dari 17,508 pulau yang tersusun menjadi kepulauan, yang terbesar adalah New Guinea, Kalimantan, Sumatra, Sulawesi, Flores, dan Timor. New Guinea, Borneo, dan Sumatra masing-masing adalah pulau terbesar kedua, ketiga, dan keenam di dunia, secara kolektif mencakup lebih dari 800,000 mil persegi. Terisolasinya banyak pulau di Indonesia berkontribusi pada keanekaragaman hayatinya, dengan spesies yang berbeda beragam di setiap pulau dan diisolasi dari predator kontinental.
Ada dua zona zoogeografi utama di Indonesia: Sundaland di barat dan Wallacea di timur. Ini dibagi oleh Garis Wallace, garis imajiner yang membentang antara Kalimantan dan Sulawesi. Di sebelah barat garis ditemukan sebagian besar spesies yang berhubungan dengan Asia, di sebelah timur, spesies Australia. Secara keseluruhan, sekitar setengah dari Indonesia tidak berpenghuni, sebagian besar ditempati oleh hutan hujan.
Di Sundaland, terdapat 381 spesies mamalia asli, dengan 173 spesies endemik. Selama Zaman Es terakhir, permukaan laut di daerah itu cukup rendah sehingga hewan dapat melakukan perjalanan dari daratan Asia ke pulau-pulau. Dengan demikian, harimau, badak, gajah, dan macan tutul dapat ditemukan di sini. Spesies endemik Indonesia yang paling terkenal, orangutan, dapat ditemukan di Kalimantan dan Sumatra, di mana mereka membentuk dua spesies terpisah. Kera besar oranye ini adalah pengguna alat yang sangat cerdas, tetapi mereka terancam oleh aktivitas manusia dan perusakan habitat. Harimau Sumatera yang cantik, spesies harimau terkecil, dapat ditemukan di bintik-bintik ion di pulau itu, di mana jumlahnya hanya 500 individu.
Dua spesies endemik Indonesia lainnya adalah badak Sumatera dan Jawa, dua spesies mamalia besar yang paling langka dan terancam punah di dunia. Mereka telah lama diburu untuk diambil tanduknya, yang memiliki nilai dalam pengobatan Tiongkok. Badak sumatera hanya sekitar 300 ekor dan badak jawa hanya 60 ekor. Upaya konservasi yang substansial akan diperlukan untuk memastikan bahwa spesies ini memulihkan populasinya. Prosesnya bisa memakan waktu berabad-abad.
Spesies endemik Indonesia lainnya ditemukan di Wallacea, wilayah timur Garis Wallace. Wallacea memiliki 126 spesies endemik, termasuk tujuh spesies kera, lima spesies tarsius, anoa, subgenus langka kerbau, dan babirusa, hewan mirip babi dengan dua pasang tanduk melengkung. Di pulau New Guinea terdapat spesies endemik Indonesia, seperti kanguru pohon Goodfellow yang aneh, banyak spesies hewan pengerat, beberapa sepanjang satu kaki, Rangkong Papua yang indah, dan Komodo Dragon yang terkenal, kadal hidup terbesar. Karena satu-satunya mamalia plasental asli adalah kelelawar dan tikus, spesies lain, seperti Komodo, telah mengadopsi relung yang seharusnya diadopsi oleh plasenta besar.