Sel prokariotik dan eukariotik adalah dua bentuk dasar yang dapat diambil sel. Sel prokariotik membentuk organisme sel tunggal seperti bakteri dan archaea, sedangkan sel eukariotik adalah dasar dari semua jenis kehidupan lainnya. Dalam hal evolusi Bumi, sel prokariotik datang lebih dulu dan kemudian digantikan oleh rekan eukariotik mereka.
Perbedaan yang paling mencolok antara sel prokariotik dan sel eukariotik adalah kemampuan yang terakhir untuk membentuk organisme yang kompleks. Prokariota adalah semua organisme sel tunggal sedangkan eukariota termasuk tumbuhan, jamur, dan hewan. Kemampuan untuk menggabungkan dan bekerja sama telah memungkinkan eukariota untuk berkembang jauh melampaui prokariota.
Kedua jenis sel mengandung elemen yang mirip satu sama lain. Kedua jenis organisme berbasis asam deoksiribonukleat (DNA) yang mengandung membran sel, flagel, sitoplasma, dan ribosom. Mereka berbagi jenis DNA yang sama dan jenis kode genetik yang sama. Satu perbedaan adalah bahwa DNA prokariota berbentuk lingkaran sedangkan eukariota adalah linier. DNA eukariotik berikatan dengan protein histon untuk membentuk kromosom, sedangkan DNA prokariotik tidak.
Perbedaan fisiologis yang paling menonjol antara sel prokariotik dan eukariotik adalah tidak adanya nukleus sejati. Nukleus mengandung dan memproses sebagian besar DNA sel eukariotik, dan fungsinya adalah untuk mengontrol aktivitas seluler. Nukleus terkandung dalam membran untuk membuatnya terpisah dari bagian sel lainnya. Prokariota memiliki pusat nukleoid tempat DNA dikumpulkan, tetapi tidak ada membran pemisah.
Membran internal adalah perbedaan berulang antara kedua jenis sel. Sel eukariotik diisi dengan organ mini yang berbeda yang disebut organel. Elemen yang terikat membran ini melakukan fungsi spesifik di dalam sel dan berbeda dari sitoplasma sel. Prokariota cenderung tidak memiliki organel yang terpisah dari sitoplasma. Sitoplasma adalah cairan kental yang terkandung di dalam sel.
Sementara sel prokariotik dan eukariotik memiliki ribosom, ribosom dalam sel eukariotik lebih besar dan lebih berkembang. Ribosom menggunakan asam amino dan asam ribonukleat (RNA) untuk membuat protein di dalam sel. Ribosom prokariotik terdiri dari tiga jenis RNA ribosom (rRNA) dan sekitar 50 jenis protein. Ribosom eukariotik, bagaimanapun, terdiri dari lima jenis rRNA dan sekitar 80 jenis protein.
Sel eukariotik mengandung organel berbeda yang disebut mitokondria, dan sel tumbuhan juga memiliki organel yang disebut plastida. Sel prokariotik tidak memiliki keduanya. Mitokondria dan plastida tampaknya memiliki asal yang sama. Keduanya tampaknya merupakan prokariota berbeda yang diserap dalam eukariota dalam hubungan simbiosis permanen.
Beberapa perbedaan umum diperumit oleh pengecualian. Sebagai aturan umum, sel-sel ini berbeda di dinding sel. Sementara semua prokariota memilikinya dan kebanyakan eukariota tidak, ada pengecualian. Beberapa prokariota telah mengembangkan organel primitif, tetapi umumnya tidak ada.