Ceruk sel punca pada dasarnya adalah lokasi di dalam tubuh di mana sel punca dapat ditemukan. Frasa secara teknis mengacu pada bagian spesifik dari setiap area umum jaringan yang diyakini mengandung sel punca. Banyak lokasi berbeda dalam tubuh manusia dewasa yang mengandung ceruk sel punca, seperti sumsum tulang, kulit, dan hati. Selain itu, sel punca banyak terdapat pada embrio. Sel punca pada dasarnya adalah sel yang tidak terspesialisasi yang nantinya dapat belajar melakukan fungsi khusus, dan dengan demikian memperbaiki jaringan yang rusak.
Lingkungan mikro spesifik yang merupakan rumah bagi sel punca disebut ceruk sel punca. Pada manusia, relung sel punca dapat ditemukan di sumsum tulang, otak, pembuluh darah, dan jantung, di antara tempat-tempat lain. Testis pria dan ovarium wanita juga mengandung ceruk sel induk, seperti halnya tali pusar yang menghubungkan ibu dengan bayinya. Ketika sel induk dikeluarkan dari ceruknya, ia tidak mampu membelah, yang diperlukan jika akan beradaptasi untuk mengisi fungsi lain di dalam tubuh. Para ilmuwan sedang mencari cara untuk menumbuhkan lebih banyak sel punca menggunakan “kultur sel.”
Biasanya, sel punca menempati ceruk sel punca sampai dibutuhkan oleh tubuh untuk menggantikan beberapa jaringan yang rusak. Di dalam ceruk, sel induk biasanya tidak membelah, tetap diam sampai dibutuhkan. Ceruk sel punca secara teknis merupakan lokasi spesifik dalam setiap area jaringan umum tempat sel punca berada. Misalnya, di dalam sumsum tulang, sel-sel induk terletak di dekat sel-sel lapisan osteoblastik.
Para ilmuwan sedang mencari lokasi ceruk sel induk baru karena manfaat yang dimiliki sel punca untuk pengobatan. Sel induk pada dasarnya adalah sel yang belum mengembangkan fungsi khusus untuk melayani di dalam tubuh. Fakta ini berarti bahwa satu sel punca dapat diubah menjadi neuron, sel otak khusus, atau sel pankreas yang mensekresi insulin, bergantung pada cara pembiakannya. Koktail dari bahan kimia yang berbeda ditambahkan saat menumbuhkan sel induk untuk mensimulasikan lingkungan spesifik yang mereka butuhkan untuk berfungsi.
Beberapa relung sel induk terletak di dalam janin embrionik. Alasan untuk ini adalah bahwa lebih sedikit sel-sel yang membentuk janin yang memiliki fungsi khusus karena mereka masih berkembang. Jenis relung sel punca ini mengandung sel punca yang lebih berguna karena mereka tidak harus “disegarkan kembali” sebelum digunakan. Namun, penggunaan embrio telah membuat penelitian sel punca menjadi topik yang kontroversial.