Cairan pencernaan secara kimiawi memecah makanan menjadi komponen-komponen yang dapat digunakan untuk mendorong metabolisme tubuh. Reaksi kimia yang tepat yang terjadi kemudian sangat tergantung pada jus tertentu. Rangsangan dari makanan, seperti penglihatan, penciuman dan rasa, memicu peningkatan produksi cairan pencernaan. Saat makanan diproses di saluran pencernaan, produksi jus meningkat lebih banyak lagi dari organ-organ yang berdekatan dan bergabung dengan makanan. Jus kemudian memisahkan berbagai komponen makanan, seperti gula dan protein, dari satu sama lain dan mempersiapkannya untuk diserap ke dalam sistem.
Air liur adalah yang pertama dari cairan pencernaan untuk bertindak atas makanan. Amilase—juga disebut sebagai “ptyalin”—, enzim yang ditemukan dalam air liur, memulai pencernaan dengan mengkatalisis pelarutan pati menjadi gula yang lebih sederhana. Saat seseorang mengunyah, air liur dicampur secara menyeluruh ke dalam makanan, bekerja pada pati yang ada dan melumasi makanan sebagai persiapan untuk proses pencernaan lainnya.
Makanan kemudian ditelan dan diangkut ke lambung, yang mengandung getah lambung. Ini dianggap sebagai salah satu cairan pencernaan yang paling mudah menguap, dengan asam klorida menjadi salah satu komponen utamanya. Asam kuat berfungsi untuk melarutkan makanan, sedangkan enzim pepsin dan renin memecah protein menjadi asam amino yang lebih sederhana. Kalium klorida dan natrium klorida yang ada dalam jus membantu menetralkan asam, memungkinkan transfer makanan yang aman dari lambung ke usus kecil, atau duodenum.
Duodenum mengandung dua cairan pencernaan: jus pankreas dan empedu. Beberapa enzim bekerja pada makanan dalam jus pankreas; yaitu, amilase, lipase, dan tripsin. Amilase dalam jus pankreas, seperti dalam air liur, mengkatalisis pemecahan gula kompleks menjadi gula sederhana. Lipase, di sisi lain, mengkatalisis pemecahan lipid melalui hidrolisis. Dengan cara yang sama, tripsin mengkatalisis pemutusan ikatan kimia dalam peptida untuk melepaskan asam amino yang lebih sederhana.
Empedu, yang kedua dari cairan pencernaan duodenum, terutama terdiri dari air. Namun, kira-kira 10 persen empedu mengandung garam empedu, yang berfungsi untuk mengemulsi tetesan lemak dari makanan yang dicerna sebagian menjadi misel. Lemak, trigliserida, dan fosfolipid ini terikat bersama untuk membentuk struktur yang dikenal sebagai misel. Peningkatan luas permukaan yang diciptakan oleh emulsifikasi memungkinkan lipase dalam jus pankreas untuk bekerja pada lemak, memecah trigliserida menjadi asam lemak sederhana dan monogliserida. Zat-zat ini kemudian diserap melalui vili di saluran usus, untuk digunakan untuk berbagai proses metabolisme tubuh.