Även om det har sina fördelar har kollektivtrafiken också ett antal problem. Många kollektivtrafikfordon är till exempel överfulla, vilket kan underlätta spridningen av sjukdomar. Att använda kollektivtrafik kan också vara obekvämt eller obekvämt för vissa. I vissa områden kan regeringar också upptäcka att kostnaderna för att driva och underhålla kollektivtrafiken uppväger intäkterna från den.
Många tror att ett av de största problemen med kollektivtrafiken är bristen på integritet. Vissa tror att bussar och tunnelbanor helt enkelt är för trånga. I ett personligt fordon, å andra sidan, är detta vanligtvis inte ett problem. En person kan åka eller köra till sin destination utan att bli stött eller allmänt upprörd av andra människor.
Bakterier är ett annat av de allvarligare kollektivtrafikproblemen. Eftersom människor ofta befinner sig mycket nära varandra, löper de större risk att drabbas av sjukdom när de använder kollektivtrafik i motsats till ett personligt fordon. Förkylnings- och influensavirus kan till exempel spridas från en person till en annan antingen genom direktkontakt med en förorenad yta eller från luften, till exempel när en person nyser. Handtvätt eller användning av handsprit rekommenderas före och efter att du åkt kollektivt.
Att vara inbäddad i ett så begränsat område med flera andra människor är också ganska obehagligt för vissa. Denna komprometterade komfort anses ofta vara ett annat av kollektivtrafikproblemen. Dessutom, om en buss eller tunnelbana är för kall eller varm, kan värmare eller luftkonditionering slås på i ett personligt fordon. Att använda ett personligt fordon kommer också med lyxen att lyssna på musik eller nyheter på radio under en pendling.
Tillsammans med de andra kollektivtrafikproblemen använder många människor inte kollektivtrafiken eftersom det är obekvämt för dem. Många kollektivtrafikfordon kör enligt strikta scheman, och dessa stopptider kommer inte alltid att sammanfalla med en persons schema. Dessutom, om en buss eller tåg är försenad, kommer alla passagerare också att vara försenade. När man använder ett personligt fordon för transport har föraren kontroll över var och när han åker någonstans.
Ett av de största kollektivtrafikproblemen för vissa lokala myndigheter är drift- och underhållskostnaderna för dessa system. Några av dessa kostnader inkluderar bränsle, förarlöner och fordonsunderhåll. I områden med liten befolkning kan det hända att intäkterna från passagerare inte alltid räcker till för att täcka dessa utgifter. Det kommer då ofta att behövas statliga pengar för att täcka mellanskillnaden.