Virtual reality används varje dag inom ett antal områden, från sjukgymnastik till underhållning. Lika mycket som fördelarna med vad tekniken en dag kan uppnå är, kommer nackdelarna med virtuell verklighet att behöva övervägas också. Vissa aspekter, såsom den teknik som används, ställer till betydande problem för utvecklare och orsakar begränsningar i försök till utbredd användning och distribution. Andra problem handlar om mjukvaruimplementering av virtuella miljöer och gränserna för vad som kan och inte kan uppnås. Slutligen finns det oro för den sociala påverkan som uppslukande miljöer kan ha på människor, såväl som de psykologiska effekterna av långvarig användning.
En av de största nackdelarna med virtuell verklighet är att tekniken som krävs för en uppslukande eller naturlig upplevelse har förblivit svårfångad. Haptiska system som ger fysisk feedback eller tillåter en helt artikulerad närvaro i en miljö är klumpiga och kan orsaka problem under användning. Den typ av hårdvara som även enkla huvudmonterade skärmar använder kan bryta känslan av nedsänkning eftersom justeringar av enheten måste göras och komponenter som kablar och hörlurar förvandlas till hinder för naturlig rörelse.
Även den mest grundläggande virtuella verklighetshårdvaran och mjukvaran lyfter fram en annan av nackdelarna med virtuell verklighet, nämligen kostnaden. Alla system som försöker ge en uppslukande upplevelse kräver någon typ av display som försöker lura de mänskliga sinnena. Dessa system är mycket dyra och kan vara problematiska att använda, till stor del eftersom så få människor har den tekniska kunskapen att reparera eller underhålla dem. Dessutom är de flesta virtuell verklighetssystem inte lätt utbytbara med annan hårdvara, vilket ökar kostnaderna och minskar det långsiktiga värdet av en initial investering i ett sådant system.
Socialt sett har några av nackdelarna med att använda virtuell verklighet som underhållning redan börjat dyka upp, även utan en upplevelse som helt tar bort en person från hans eller hennes omgivande stimuli. En fråga är social isolering, där användaren av virtuell verklighet förlitar sig mer på interaktioner som sker i en virtuell värld än på upplevelser i den verkliga världen. Denna brist på verklig, fysisk interaktion har potential att skapa felaktiga associationer som inte är en del av verkliga sociala miljöer. Isoleringen kan så småningom orsaka depression, disassociation och andra tillstånd, om den är tillräckligt allvarlig.
En annan av de möjliga psykologiska och sociala nackdelarna med virtuell verklighet är desensibilisering. Om vissa användare skulle använda virtuell verklighet för underhållning i stor utsträckning, kan de löpa risken att inte inse de verkliga konsekvenserna för handlingar som de deltar i eller tittar på. När det översätts till den verkliga världen, i ett extremt fall, kan detta orsaka en bristande förståelse för effekterna av vissa åtgärder när de utförs utanför den virtuella miljön.