Automatiserad handelsmjukvara kan klassificeras efter den marknad den handlar med eller efter typen av användare. De allmänna marknadstyperna är aktier, råvaror och valuta. Användare är antingen enskilda handlare eller stora handelsfonder. Enskilda handlare använder ofta detaljhandelsprogramvara och fonder utvecklar sin egen.
Fonder handlar med aktier, valuta och råvaruterminer med hjälp av algoritmer som de har utvecklat och införlivat i sin automatiserade handelsmjukvara. Den exakta mekaniken i dessa algoritmer är noggrant bevakad. Aktiehandelsfonder använder ofta så kallade momentumalgoritmer, ofta i kombination med parhandel. Momentumalgoritmer drar nytta av kortsiktiga, höga volymprisförändringar. Parhandel innebär att välja två aktier i samma sektor, sedan köpa den starkare och shorta den svagare.
Valutahandelsfonder är benägna att använda algoritmer baserade på upptäckt av pris- och volatilitetsexpansion i en riktning. Valutamarknadens prisfördelningsegenskaper gör att detta tillvägagångssätt är framgångsrikt, medan det är marginellt vid aktiehandel. Momentum trading används i vissa automatiserade handelsprogram som fonder använder för att handla spannmålsterminer. Minst en fond använder vätskedynamikens fysik för att handla med aktiemarknadsterminer.
Detaljhandelsprogram, däremot, tenderar att erbjuda ett vackert utseende på datorskärmen, kombinerat med möjligheten att lägga flera beställningar samtidigt med en knapptryckning, och hävda att detta är ”automatiserad” handelsmjukvara. Handlaren måste fortfarande övervaka marknaden, bestämma vilka aktier, terminer eller valutor som hör till hans knapphandlade korg och sedan bestämma när han ska gå in i handeln. Vissa detaljhandelsprogram erbjuder ett kodningsgränssnitt som handlaren kan använda för att skriva och testa sina egna algoritmer.
En annan mängd automatiserad handelsprogramvara för detaljhandeln kallas black-box-handel. De algoritmer som används av programvaran avslöjas inte för köparen, och ofta ges denne inte en lämplig möjlighet att testa om programvaran faktiskt är lönsam. Köpare uppmanas att acceptera i tro att programvaran har varit lönsam tidigare och kommer att vara det i framtiden. Black-box-handelssystem erbjuds för handel med aktier, råvaruterminer och valuta.
Fonder som använder automatiserad handelsprogram testar det utförligt. De använder både bootstrap och Monte Carlo-testning för att se om systemet är lönsamt i labbet. När de hittar algoritmer som lyckas med sin testning, testar de det i realtid. Fondgenererad programvara kontrollerar alla aspekter av handeln: den bestämmer hur mycket man ska handla, vad man ska handla och när man ska handla, och den placerar order direkt på börsen. En enskild handlare måste efterlikna fondernas teststrategi om han ska ha rimliga utsikter att handla lönsamt.