De vanligaste mänskliga antigenerna är blodfaktorerna, som bestämmer en persons blodgrupp. Humana antigener inkluderar också de antigener som hjälper antikroppar att klyva till och förstöra främmande proteiner som kan skada en persons kropp. Dessa antigener hjälper kroppen att skilja celler som tillhör en persons eget system från främmande celler eller proteiner som behöver tas bort.
Humana blodkroppar kan innehålla en eller båda av två humana antigener. Dessa mänskliga antigener kallas A och B, och deras närvaro eller frånvaro avgör vilken blodgrupp en person har. Personer med blodgrupp A har det mänskliga antigenet A, och de med blodtyp B har humant antigen B. En individ med blodtyp AB har båda och personer med blodtyp O har inte någon av dessa antigen på sina röda blodkroppar . Det finns också ett humant blodantigen som avgör om en person har en positiv eller en negativ blodgrupp.
Närvaron av ett blodtypsantigen betyder att motsvarande antikropp saknas i en persons system. Omvänt innebär frånvaron av vissa antigener att personen skapar antikroppar mot just dessa antigener, varför blodtransfusioner inte får ges om de innehåller ett humant antigen som normalt inte finns i patientens kropp. Till exempel bör någon med blodgrupp a inte ges en transfusion av typ B-blod. Okända blodantigener framkallar ett immunsvar, vilket kan leda till allvarliga komplikationer eller till och med patientens död.
Ett humant antigen skapas av det mänskliga leukocytantigensystemet, vilket hjälper till att identifiera antigener som tillhör främmande proteiner. Det humana leukocytantigensystemet är kodat på human deoxiribonukleinsyra (DNA) på den sjätte kromosomen. Denna del av DNA används för att skapa proteiner som känner igen antigener. Processen att identifiera ett antigen kallas antigenpresentation.
De flesta antigener i människokroppen är de som har kommit in i kroppen genom luften, blodomloppet eller matsmältningskanalen. Dessa kallas exogena antigener och anses vara fientliga av det mänskliga immunsystemet. De andra typerna av antigener som finns i en persons kropp kallas endogena antigener. De är ofta främmande inkräktare som har tagit över en frisk mänsklig cell och replikerat inuti den. Antigenpresentation gör att dessa inkräktare kan identifieras och förstöras av antikropparna i immunsystemet.