En epitop är den del av ett protein som känns igen av immunsystemet. De känns igen av specifika T-celler, B-celler och antikroppen som produceras av B-celler. När dessa celler känner igen och aktiveras av specifika epitoper börjar de få ett immunsvar. De flesta epitoper härrör från proteiner som immunsystemet klassificerar som icke-själv, vilket innebär att proteinerna är en del av en främmande organism som ett virus eller en bakterie.
T-celler och B-celler svarar på olika typer av epitoper. Båda celltyperna kan svara på epitoper från samma organism, men svarar inte på exakt samma epitop. Detta beror på att varje celltyp reagerar på epitoper av olika storlekar och former. I allmänhet reagerar T-celler på epitoper som är mycket mindre än de som känns igen av B-celler och antikroppar.
För T-celler är den aktiverande epitopen ett fragment av ett protein. T-cellsaktiverande epitoper är de som har bearbetats av immunceller som kallas antigenpresenterande celler eller APC. När en APC bearbetar epitoper gör den det genom att få i sig bakterier eller virus och bryta ner dessa organismer till deras beståndsdelar proteiner och andra makromolekyler. APC:erna visar sedan proteinfragment, som kan vara så små som åtta aminosyror stora, på sina ytor. När en T-cell känner igen en epitop och tar emot andra nödvändiga stimulerande signaler, blir T-cellen en aktiv del av immunsvaret.
Däremot aktiveras B-celler och de antikroppar de producerar av mycket större epitoper. B-cells- och antikroppsepitoper är fortfarande i sina normala tredimensionella konformationer. Denna skillnad i typerna av epitoper som känns igen av T-celler och B-celler tillåter varje celltyp att utföra olika immunfunktioner.
Antikroppar känner igen epitoper på naturliga proteiner, som ofta visas på ytan av den specifika infekterande organismen. Bakterien eller viruset blir så småningom belagt med antikroppar, vilket gör det sårbart för fagocytisk dödande. Däremot känner T-celler igen kortare epitoper och blir förberedda för olika funktioner, såsom cytokinproduktion. De är också effektiva på att döda celler som är infekterade med virus eller intracellulära bakterier och känner igen de infekterade cellerna eftersom infektionen gör att cellerna visar främmande epitoper på sina ytor.
Den starka betydelsen av epitoper i immunsystemet har lett till utvecklingen av epitopkartläggning. Denna teknik har utvecklats för att försöka identifiera element av mänskliga patogener som sannolikt kommer att kännas igen som epitoper av T-celler och B-celler. Epitoper som är erkända som sådana kan sedan användas som mål för vacciner och kan också bli grunden för diagnostiska tester.