Termen digitalt mikroskop kan syfta på två olika uppställningar. Det kan antingen vara ett optiskt mikroskop med en videokamera eller digitalkamera ansluten eller ett mikroskop med en integrerad kamera. I båda fallen kan den visa vad som finns på scenen som en digital bild, och i båda fallen kan kameran kallas en digital mikroskopkamera. En digital mikroskopkamera kopplad till ett optiskt mikroskop har nackdelen att linserna är designade för det mänskliga ögat, snarare än kameran, så bilden kan vara av sämre kvalitet än den som erhålls med en integrerad modell. Å andra sidan har vissa integrerade modeller inget okular och är beroende av förstoring från monitorn.
En digital mikroskopkamera möjliggör ett antal möjligheter som inte finns med ett mikroskop som inte har en sådan kamera. Det gör att bilder kan lagras för arkivering, överföras över Internet eller införlivas i dokument. En projicerad bild möjliggör studier bort från mikroskopet och dela bilden med andra – till exempel en grupp studenter eller kollegor, och förstoringen kan också leda till bättre förståelse av data. Med en videokamera läggs möjligheten till att spela in och dela synen på ett fenomen eller experiment över tid.
Det finns monokulära optiska mikroskop och trinokulära mikroskop som har designats för att göra det enkelt att fästa en digital mikroskopkamera eller videokamera. När det gäller monokulärt mikroskop passar digitalkameran över det ena okularet. Med ett trinokulärt mikroskop fästs kameran på det tredje okularet, som är speciellt designat för denna användning. När du lägger till en digital mikroskopkamera till ett mikroskop är en C-monterad mikroskopadapter den vanliga kontakten.
Det första digitala mikroskopet byggdes av Hirox® 1986. USB och FireWire tillåter nu direkta anslutningar mellan den digitala mikroskopkameran och datorn. Andra viktiga skillnader i digitala mikroskopuppsättningar inkluderar kvaliteten på optiken, tillgången på ett okular, antalet megapixlar som kameran har, vilken bildmjukvara som används, om mikroskopet är på ett stativ eller handhållet, och kostnaden .