Inom matsmältningssystemet finns det många olika enzymer som bryter ner matmolekyler. Vart och ett av dessa enzymer har olika roller och vissa verkar bara i ett specifikt organ under specifika förhållanden. Den mesta matsmältningen sker i tunntarmen av ett stort antal olika enzymer. Nedbrytningen av proteiner är ett exempel på en komplex process som utförs i olika organ av olika grupper av enzymer. Exopeptidaser är en grupp enzymer som är involverade i den fullständiga nedbrytningen av proteiner.
Nedbrytningen av en proteinmolekyl är mycket specifik, eftersom de involverade enzymerna bara bryter bindningarna vid sidan av vissa aminosyror som finns i peptidkedjan. När en peptidbindning bildas är den alltid mellan aminoänden av en aminosyra och karboxyländen av en annan. När aminosyrasekvensen ges för en viss peptidkedja, eller protein, läses den vanligtvis från aminoänden, N-terminalen, till den sista aminosyran, som har en fri karboxyl, eller C-terminalen. Till en början, även om proteinet bryts ner, produceras väldigt få aminosyror.
Proteiner är stora molekyler och deras matsmältning har ett antal steg, som börjar i magen av pepsin, en av tre endopeptidaser. När de delvis smälta proteinerna flyttar från magen till tunntarmen fortsätter de andra två endopeptidaserna, trypsin och kymotrypsin, att bryta ner proteinerna. Dessa tre enzymer delar upp de långa peptidsträngarna som utgör proteinet i olika längder. Endopeptidaser kallas så eftersom de bryter ner peptidbindningarna som finns i proteinet.
För att fullborda matsmältningsprocessen för att producera enstaka aminosyror från en proteinkedja behövs ett exopeptidas. Varje exopeptidas bryter bindningen mellan slutaminosyran och resten av kedjan. Det finns flera olika exopeptidaser, som var och en har ett mycket specifikt verkningssätt. Där aminosyran är förenad med resten av peptidkedjan och vilka aminosyror som är sammanfogade spelar roll för att avgöra vilket exopeptidas som kommer att bryta bindningen.
Karboxypeptidas är ett exopeptidas som bryter bindningen mellan den näst sista och den sista aminosyran vid den C-terminala änden. Ett annat exopeptidas, aminopeptidas, utför samma verkan men vid den N-terminala änden. Andra exopeptidaser, som kallas dipeptidaser, bryter isär vissa par av aminosyror. Till exempel kommer ett dipeptidas endast att bryta bindningen mellan ett glycin kopplat till ett leucin. Ett annat dipeptidas kommer bara att verka på en peptidbindning mellan två glycinaminosyror kopplade till varandra.