Inom biologin är en domän den högsta möjliga klassificeringen av organismer. Enligt det moderna systemet, kallat tredomänsystemet, skapat av Carl Woese 1990, finns det tre: Eucaryota (eukaryoter), Archaea och Bacteria. Äldre system inkluderar tvåimperiets system, Prokaryota och Eukaryota, och sexrikessystemet, som listar Protista, Archaebacteria, Eubacteria, Fungi, Plantae och Animalia. Baserat på genetisk analys och noggranna argument har de flesta forskare kommit överens om att det nuvarande systemet bäst klassificerar livets mångfald.
Woeses system har hyllats för att betona mikrobiell mångfald och erkänna grundläggande skillnader mellan arkéer och bakterier, tillräckligt för att motivera att de placeras i olika domäner. Systemet med två imperier sägs ignorera dessa skillnader, medan sexrikessystemet överbetonar särarten hos svampar, växter och djur, som alla är eukaryoter, gjorda av komplexa celler med organeller och kärnor. Alla flercelliga djur är eukaryoter.
Den mest grundläggande uppdelningen i allt liv är den mellan prokaryoter, eller enkla celler, och eukaryoter, eller komplexa celler. Skillnader i 16S rRNA-generna bland prokaryoter ledde till att de delades upp i arkéerna och bakteriegrupperna, medan andra genetiska kontraster tydliggör skillnaden mellan dessa grupper och eukaryoterna.
För närvarande är det okänt vilken domän som är den äldsta organismlinjen i världen, även om nya bevis pekar på archaea. När det gäller biomassa är bakterier de mest talrika, sannolikt följt av archaea, sedan eukaryoter. Om bakterier och arkéer skulle försvinna, skulle eukaryoter sannolikt dö ut, eftersom de flesta eukaryoter är intimt beroende av dessa andra organismer för mat eller symbiotiska interaktioner, såsom kvävefixering. Hos människor är symbiotiska magbakterier nödvändiga för att bryta ner komplexa kolhydrater.
Archaea är den nyaste gruppen att erkännas, identifierad som distinkt 1977. Ursprungligen hittades dessa organismer i extrema miljöer, såsom de varma källorna i Yellowstone Park, men har sedan dess hittats praktiskt taget överallt. Archaea inkluderar några av de mest imponerande extremofilerna, vilket betyder organismer som trivs i extrema temperaturer, surhetsgrad, tryck, sockerkoncentration, syrebrist eller andra variabler.