Vad är zymografi?

Zymografi är en teknik som utförs av biokemister där partiklar sprids med hjälp av en elektrisk laddning i en process som kallas elektrofores. Specifikt använder processen ett substrat där ett enzym kommer att reagera genom polymerisation med en polykrylamidgel, en vattenbaserad lösning gjord av giftiga material. Denna zymogramgel är känd som natriumdodecylsulfatpolyakrylamidgel (SDS-PAGE).

En biokemist som utför zymografi kommer att förbereda zymogramgelen med hjälp av elektroforesmetoden. Vanligtvis görs denna metod i samband med kokning eller reducering av gelén. I zymografi hålls emellertid SDS-PAGE-gelen intakt. Efter detta steg avlägsnas SDS-delen av föreningen med användning av ett material känt som Triton X-100™, ett oxidationstvättmedel från BASF™-företaget. Detta material hålls vid 98°F (ca 37°C) under en längre tid i en avancerad inkubator. En biokemist kommer sedan att färga det återstående materialet med antingen en svart eller blå förening. Detta gör det möjligt för en forskare att identifiera var och hur matsmältningen sker av enzymerna i ämnet.

Medan SDS-PAGE-gelen är den vanligaste substansen vid zymografi, kan andra typer av material användas för att identifiera ett enzyms nedbrytningshastighet och förmåga. Många gånger inkluderar detta tillsats av en stärkelsefilm för att underlätta den visuella identifieringsprocessen.

Biokemister och biomedicinska ingenjörer använder vanligtvis denna process i ett försök att lära sig om nya former av enzymer. Genom att definiera hastigheten för matsmältningen och rörelsemönster för ett enzym kan de olika egenskaperna hos mänskliga och animaliska proteiner identifieras. Detta används för viss genetisk forskning och analys samt läkemedels- och medicinapplikationer.

Processen för zymografi måste hanteras med försiktighet. Även om det huvudsakligen kan göras med minimala säkerhetsåtgärder, måste alla forskare eller forskare som hanterar materialen vara säker på att undvika fysisk kontakt. Både Triton X-100™ tvättmedlet och SDS-PAGE gelen kan vara mycket giftiga för huden.

Det finns ett antal enzymer som inte svarar som förväntat på denna process. Till exempel kan D. melanogaster matsmältningsglykosidaser överleva reduktionsprocesser vid andra typer av matsmältningsundersökningar. Dessutom kommer den att överleva uppvärmningsprocessen hela vägen upp till 122°F (cirka 50°C), långt över den nivå som behövs i den traditionella zymografiska processen. När ett enzym överlever processen utan att helt smälta SDS-PAGE-gelen, ses en ökad bandupplösning i slutskedet. Detta kan orsaka problem med att få korrekta resultat från zymografiprocessen.