Oral mikrobiologi är studiet av bakterier, svampar och virus som koloniserar munnen. Dessa små mänskliga flora lever ofta tätt packade tillsammans i gelatinösa massor som kallas biofilmer. Även om specifika bakteriestammar traditionellt har hållits ansvariga för oral patologi, vilket orsakar tandköttssjukdomar och karies, är oral mikrobiologi komplex. En mikroorganisms handlingar och effekter kan påverka en annans, och hela kolonin bildar sitt eget lilla ekosystem i munhålan. Forskare fortsätter att lära sig mer om betydelsen av de olika typerna av mikrober som finns i friska och ohälsosamma munnar.
Studiet av oral mikrobiologi försvåras eftersom många av de mikroorganismer som koloniserar munnen inte kommer att växa under laboratorieförhållanden. På senare tid har framsteg när det gäller att identifiera bakterier gjort att mikroorganismer kan samlas in och identifieras från deras DNA. Denna teknik har använts i det mänskliga mikrobiomprojektet, som syftar till att kartlägga alla bakterier som normalt finns i kroppen. Det har konstaterats att antalet olika mikroorganismer i munnen uppgår till mer än 700.
Interaktioner mellan de olika mikroorganismerna kan innebära att vissa mikrober producerar faktorer som hämmar eller främjar tillväxten av andra. Bakterien som kallas S. mutans, som är känd för att producera syra som orsakar karies, kan vara ett mindre hot mot hälsan om den finns nära en annan bakterie som producerar ett alkaliskt ämne. De bakterier som tenderar att vara de tidiga kolonisatörerna av munnen har speciella förmågor som gör att de kan hålla sig till tänder och tandkött, medan senare ankomster är beroende av att fästa sig vid de tidiga bosättarna.
När forskare fortsätter att lära sig mer om oral mikrobiologi verkar det som om att bara ta bort plack, vilket är ämnet som innehåller mikroorganismer, kanske inte är det bästa svaret på tandkötts- och tandsjukdomar. Att ta bort alla mikrober lämnar ett utrymme som sedan kan koloniseras av mer skadliga mikroorganismer. Detta skulle kunna ersätta en balanserad blandning av bakterier som kanske inte utgjorde ett hälsohot, eftersom de potentiellt skadliga effekterna av vissa mikrober neutraliserades eller hämmades av andra runt omkring dem.
Vissa orala mikrobiologiforskare har föreslagit att användbara bakterier kan användas för att ändra balansen mellan mikrober i munnen. Om levande bakterier kunde föras in i munhålan, vilket skulle hämma tillväxten av syraproducerande mikrober och ofarligt ersätta dem, skulle detta kunna bidra till att minska tandförfall. En annan metod för att ta bort skadliga bakterier skulle innebära att attackera dem med antimikrobiella ämnen. Dessa skulle bindas till molekyler som bara binder till de skadliga arterna.