En molekylviktsmarkör är en molekyl som används för att ge en uppskattning av storleken på molekyler som utsätts för gelelektrofores. Detta är en teknik där DNA, RNA eller proteiner separeras efter storlek med hjälp av en elektrisk ström på en gel. Denna term bör inte förväxlas med molekylära markörer inom genetik – områden där en organisms DNA skiljer sig från resten av befolkningen och kan identifieras med en DNA-sond.
Proteinmolekylviktsmarkörer används vanligtvis när proteiner separeras genom gelelektrofores. Molekylviktsmarkören är en grupp av proteiner med känd molekylvikt, som vanligtvis tillhandahålls av bioteknikföretag i ett visst storleksintervall. Man väljer storleksintervall utifrån de prover som studeras. Molekylviktsmarkörerna laddas tillsammans och separeras under körningen. Genom att mäta avståndet som markörerna och proteinet av intresse har tillryggalagt kan man bestämma storleken på det experimentella proteinet.
Olika typer av markörer kan visualiseras på olika sätt. Några av de molekylära markörerna är omärkta och färgas i gelén med resten av proteinerna. De är inte synliga förrän hela gelén är färgad. Andra typer av proteinmolekylära markörer kommer förfärgade med färger, och varje typ av protein har olika färger. Separationen är synlig när gelén rinner.
En fördel med en förfärgad molekylviktsmarkör är för Western blöts. Detta är en teknik där proteinerna överförs till ett membran och sedan färgas med antikroppar för att detektera ett visst protein. Att ha färgade markörer hjälper till att avgöra om överföringen av proteinerna är klar innan man fortsätter med resten av proceduren.
Molekylviktsmarkörer används vanligtvis för att analysera DNA på geler. Ofta görs DNA-molekylära markörer från det bakteriella viruset lambda. Restriktionsenzymer tillverkas av bakterier för att smälta DNA från invaderande organismer, och restriktionsenzymet HindIII används ofta för att bryta ner lambda DNA. Den producerar en serie av olika stora, reproducerbara fragment som kallas en DNA-stege. Genom att jämföra avståndet som standarderna löper på en logaritmisk skala kan man bestämma storleken på de DNA-fragment som analyseras.
Denna DNA-molekylviktsmarkör kan användas för att analysera storleken på DNA som produceras under isolering av gener och i gentekniska experiment. Det kan också användas under polymeraskedjereaktionen (PCR), där små mängder DNA eller RNA amplifieras för att producera stora mängder produkt. PCR-tekniker är vanligtvis förknippade med faderskapstestning och rättsmedicin, men de är också mycket vanliga inom medicinsk och grundläggande biologisk forskning. Särskilda molekylviktsmarkörer finns tillgängliga för mindre produkter genererade från vissa typer av PCR eller små RNA-molekyler.