Mikroskopiska djur är djur som är för små för att kunna ses med blotta ögat. Mikroorganismer som bakterier är nästan alltför små för att kunna ses utan hjälp, även om dessa inte är kvalificerade som djur. Eukaryota (komplexcelliga) encelliga organismer med djurliknande egenskaper kallas protister, men inte heller dessa anses vara en del av Kingdom Animalia (även känd som metazoa). Sanna djur är flercelliga och har differentierade vävnader.
Djur som är för små för att se utan mikroskop är de mest talrika av alla djur. Om utomjordingar blev instruerade att ta ett slumpmässigt djur från jorden, skulle de förmodligen ta tag i någon typ av mikroskopiskt djur. Vanliga sådana inkluderar planarians (plattmaskar); många typer av kvalster, inklusive dammkvalster och spinnkvalster; och vattenlevande kräftdjur, såsom copepoder och cladocerans (vattenloppor). De mest talrika är nematoder (spolmaskar), hjuldjur (vattenfiltermatare) och tardigrader (vattenbjörnar). Nematoder, i synnerhet, är förmodligen det mest talrika djuret på jorden, som representerar minst 90% av allt liv på havsbotten, och de är allestädes närvarande i alla beboeliga miljöer på land och hav.
Mikroskopiska djur är en del av ett storlekskontinuum som sträcker sig hela vägen från virus till de största levande organismerna. De upptäcktes först av den holländska forskaren Antonie van Leeuwenhoek, ”mikrobiologins fader”, 1675, med hjälp av mikroskop av hans egen design, av vilka några kunde förstora upp till 500 gånger. Det minsta föremålet som kan ses med det blotta ögat sträcker sig från cirka 1/40 till 1 mm, men ”mikroskopiskt” syftar ofta på alla djur som är mindre än 1 mm i bredd, särskilt mindre än 1/10 mm i bredd.
Dessa små djur är extremt viktiga för det globala ekosystemet, de utgör en betydande del av biomassan och representerar basen för vissa näringsnät. De minsta, som hjuldjur, lever mestadels på bakterier, medan större exemplar konsumerar mindre djur eller suger vätska från träd. Kvalster är särskilt anpassade till det senare och finns i stort antal under bladen på många växter. Dammkvalster, den vanligaste orsaken till allergier, finns i nästan alla mänskliga hem på planeten, där de överlever på döda hudceller som faller från mänskliga invånare. En vanlig strategi för att döda dessa små bestar är att minska omgivande fukt.
Eftersom mikroskopiska djur är så många och distribuerade, har bara en del av dem beskrivits av vetenskapen. Andra kommer säkert att upptäckas i framtiden, vilket ökar forskarnas kunskap om planetens biologiska mångfald.