Inom celler framställs proteiner genom översättningsprocessen. Under denna process transkriberas DNA i cellens kärna till RNA, som sedan översätts för att göra proteinmolekyler från fria aminosyror som finns i cellen. Det finns tre typer av RNA involverade i translation, vilka är: budbärar-RNA (mRNA), ribosomalt RNA (rRNA) och överförings-RNA (tRNA). Antikodonets roll är att säkerställa att aminosyror i proteinet som översätts är sammanlänkade i rätt ordning, för att säkerställa att proteinet fungerar korrekt. Utan antikodoner kunde inte proteinsyntes ske.
DNA består av fyra nukleotidbaser, som kallas A, T, C och G. Kombinationen av dessa baser utgör vår genetiska kod. DNA läses med hjälp av triplettkoder, som är uppsättningar av tre baser av DNA, så kallade kodoner. Varje kodon motsvarar en aminosyra, som utgör byggstenarna för varje protein i kroppen. Ett antikodon är en region av överförings-RNA, eller tRNA, som är komplementär till ett kodon på strängen av mRNA som översätts.
För att skapa protein i cellerna måste DNA ”läses” och protein måste syntetiseras. För att göra detta transkriberas DNA först till budbärar-RNA, eller mRNA, en typ av genetisk information som är ritningen för proteinet. mRNA innehåller även triplettkoder, så kallade kodoner, som ger aminosyrasekvensen inom varje specifikt protein. Varje kodon är komplement till ett antikodon som finns på en tRNA-molekyl. Antikodonet för tRNA:t bestämmer vilken aminosyra som ska fästas på det växande proteinet.
Det finns fyra nukleotider i RNA som motsvarar nukleotiderna i DNA. De betecknas med A, U, C och G. Varje kodon består av tre nukleotider, så antalet potentiella kodon som kodar för en aminosyra är 64. Eftersom det finns 64 möjliga kodon som representerar endast 20 olika aminosyror i kroppen representeras varje aminosyra av mer än ett kodon och antikodon. Kodonet för varje amino är välkänt.
Även om mer än ett kodon kan motsvara en enda aminosyra, är de två första baserna i triplettkodonet identiska eller liknande för varje aminosyra. Till exempel är två kodon som kodar för aminosyran leucin UUA och UUG, som skiljer sig endast i den tredje basen av tripletten. Detta är ett skydd för att förhindra misstag vid syntetisering av proteiner. Eftersom antikodonet måste ”läsa” kodonet för att få den rätta aminosyran, så länge de två första delarna av triplettkoden är korrekta, kommer den rätta aminosyran att läggas till proteinet. Denna teori är känd som wobble-hypotesen och är allmänt accepterad för att beskriva interaktionen mellan kodonet och antikodonet i alla kända organismer.