Det finns hundratals olika metoder för bestämning av proteinkoncentration. Den otroliga mångfalden i de typer av proteinlösningar som biokemister analyserar är anledningen till att det inte finns någon enskild universell metod som fungerar för alla typer av proteinlösningar. De vanligaste proteinanalyserna är Bradford-analysen, Lowry-analysen och bicinchoninsyraanalysen. Ändå har otaliga variationer utvecklats efter behov för att kringgå eventuella kemiska inkompatibiliteter mellan proteinlösningen och reagenserna som används i analysen.
Generellt sett finns det två huvudkategorier av analyser för bestämning av proteinkoncentration. I den första gruppen av metoder tillsätts ett färgglatt eller fluorescerande färgämne till en proteinlösning, och det binder specifikt till protein. Det bundna färgämnet har en unik absorptionsvåglängd som är proportionell mot mängden protein. Genom att använda en spektrometer blir det möjligt att uppskatta koncentrationen av protein.
Den andra gruppen av analyser involverar tillsats av koppar(II)joner till en lösning av protein, där dessa joner reduceras till koppar(I)joner. Dessa reducerade joner kan sedan bilda färgglada komplex genom att binda till proteiner. Genom att mäta absorbanserna vid deras unika våglängder kan proteinkoncentrationerna på samma sätt utläsas.
En av de mest populära metoderna för bestämning av proteinkoncentration är Bradford-analysen. I denna analys tillsätts ett rött färgämne som kallas coomassie brilliant blue till en proteinlösning under sura förhållanden. Eftersom detta färgämne binder till protein, bildar det ett permanent blått komplex med en karakteristisk absorbans vid 595 nanometer.
Trots den allmänna mångsidigheten hos Bradford-analysen är den inkompatibel med vissa proteinlösningar. I synnerhet störs Bradford-analysen av närvaron av natriumdodecylsulfat (SDS), ett rengöringsmedel som vanligtvis används för att rena proteiner och bryta ner celler genom lys. Detta tvättmedel stör bindningen av färgämnet till proteiner, vilket resulterar i en opålitlig och felaktig absorptionsavläsning. Andra typer av metoder måste alltså användas när SDS finns.
En annan serie av proteinanalyser har utvecklats, och de involverar alla en variant av Biuret-testet. I denna reaktion kombineras ett protein med en vattenbaserad bas och koppar(II)joner. Dessa joner reduceras och keleras sedan av protein för att bilda färgglada komplex. Två analyser som använder detta test är Lowry-analysen och bicinchoninsyraanalysen.
Med Lowry-analysen läggs ett Folin-Ciocalteu-reagens till Biuret-testet. Folin-Ciocalteu-reagenset oxiderar aromatiska rester, särskilt tryptofan, och hjälper komplexet att absorberas kraftigt vid 750 nanometer. Bicinchoninsyraanalysen, å andra sidan, innebär att man lägger till bicinchoninsyra till Biuret-testet. Efter en kort inkubation vid cirka 104° Fahrenheit (40° Celsius) kelerar två ekvivalenter syra och proteinets peptidbindningar en enda koppar(I)jon. Resultatet är ett komplex som absorberar kraftigt vid 562 nanometer.
När man väljer en metod för bestämning av proteinkoncentration är det viktigt att man tar hänsyn till de olika kemiska funktionella grupperna som finns i lösningen. Närvaron av vissa aminosyrasidokedjor, disulfidbindningar och kofaktorer kan göra bestämningen av proteinkoncentrationen mycket inexakt. Det är ofta nödvändigt för en att överväga inte bara proteinerna utan även andra reagens och buffertar, såsom reduktionsmedel och tvättmedel. Den idealiska metoden kommer att vara kemiskt kompatibel samt vara pålitlig, billig och enkel att installera.