Den breda genren av mysterieskrivande har ett antal undergenrer som har unika och oberoende egenskaper. Alla mysteriegenrer delar åtminstone den grundläggande delförståelsen av vad som händer i berättelsen, så att hela berättelsen måste upptäckas under bokens gång. Vissa mysteriegenrer kan delas in efter typen av problem, andra efter miljön och ytterligare andra efter personerna som löser problemet. Det finns också vissa undergenrer som fungerar genom att kombinera mysteriegenren med en annan genre, till exempel romantik. Ibland finns det böcker som trotsar genren, men när de väl blivit populära och ofta upprepade handlingar blir de en gång genrelösa böckerna också sina egna genrer.
Ett av de bästa sätten att kategorisera mysteriegenrer är efter vilken typ av detektiv som löser fallet. Privatdetektivromaner, till exempel, är en populär mysterieundergenre, liksom amatörutredarromaner. Vissa går så långt att de specificerar könet på den som löser brottet som en genreaspekt. På vissa sätt innebär dessa kategorier naturligtvis inställningar, men i serier av romaner reser brottslösaren vanligtvis runt för att ge nya utmaningar.
Tiden och platsen där mysteriet inträffar kan också ses som definitiva för en undergenre. Till exempel är historiska mysterieromaner en av de mer populära mysteriegenrerna. Mysiga mysterier, som är en mycket väldefinierad typ av roman, definieras både av deras kvinnliga huvudperson och deras småstadsmiljö. Mysterieberättelser som utspelar sig i en avlägsen framtid tar ofta formen av science fiction-mysterier, även om science fiction-elementen i berättelsen ofta överskuggar mysterieelementen när man definierar bokens genre.
Även om inte alla mystiska berättelser involverar ett brott i den meningen att problemet stred mot lagen, involverar de flesta ett slags problem som behandlas som ett brott. Mordmysterier och kaprishistorier, till exempel, betraktas båda ofta som genrer. I vissa fall kan brottet i sig inte strida mot lagen, vilket är fallet i många barnmysterier som involverar brott på barnnivå. En lånad leksak eller en borttappad hund kan vara brottet i ett barns mysterium, men barndetektiver i romaner löser lika ofta stora brott som stöter lokala lagföreträdare.
Slutligen är många mysteriegenrer uppdelade när det gäller stilen som historien berättas i. Hårdkokta deckarromaner, vanligtvis tänkta som noir-historier, berättas på ett helt annat sätt än historiska romantiska mysterier. Olika kulturer har också olika konventioner för mysterieromaner, där engelska och japanska mysteriegenrer är något olika. I många fall korsar en mysterieberättelse många genrer, och nya termer måste uppfinnas för att klara av berättelser som trotsar genren.